Hvis en momspligtig person har flere virksomheder (f.eks. flere filialer, afdelinger eller forretninger), skal disse som udgangspunkt registreres som én virksomhed. Det betyder bl.a., at virksomhederne skal udveksle varer og ydelser uden momsmæssige konsekvenser, og at fradragsretten opgøres under ét.

Virksomhederne kan dog efter anmodning blive registreret hver for sig (delregistreret), hvis der føres særskilt regnskab for hver enkelt virksomhed. Hver enkelt virksomhed vil herefter blive betragtet som selvstændig.

Se SKM2009.574.LSR vedrørende leverancer mellem institutioner inden for samme myndighed. Det fremgår af Landsskatterettens kendelse, at interne leverancer mellem en kommunes institutioner, jf. momslovens § 3, stk. 2, nr. 3, ikke er momspligtige, jf. § 9, 1. punktum, uanset den enkelte institution er momsregistreret, jf. 47, stk. 3, 2. punktum. 

Se endvidere SKM2009.304.SR, hvor Skatterådet har svaret, at et forsikringsselskab ikke kan udskille en aktivitet med levering af momsfrie biydelser til forsikringsvirksomhed i form af bygningseftersyn i en delregistrering, idet kun momspligtige aktiviteter kan udskilles.

SKAT har i SKM2008.1029.SKAT udtalt, at forsikringsvirksomheder, der ikke måtte anse deres ejendomme - omfattet af frivillig registrering for udlejning af fast ejendom med særskilt SE-nr. - for at være delregistrerede, kan rette henvendelse til SKAT. SKAT vil anerkende de særskilte SE-nr. for alene at udgøre administrative momsnumre, medmindre SKAT på baggrund af en konkret vurdering finder det ubetænkeligt at lægge til grund, at virksomheden har anmodet om en delregistrering. Anerkendte administrative momsnumre skal afvikles inden 1. januar 2010.

Skatteministeriet har i SKM2011.89.SKAT på baggrund af en konkret sag besluttet at ændre praksis for, hvornår der kan ske delregistrering efter momslovens § 47, stk. 3. SKAT vil fra offentliggørelsen af styresignalet 8. februar 2011 ikke imødekomme anmodninger om delregistrering i tilfælde, hvor en opdeling af den hidtidige samlede virksomhed i to registreringer vil medføre, at den ene registrering i væsentligt omfang vil have leverancer mod vederlag til den anden registrering, og hvor formålet med og/eller resultatet af opdelingen vil være, at den afgiftspligtige samlet opnår en nedsættelse af det samlede afgiftstilsvar gennem en forvridning af beregningsgrundlaget for delvis fradragsret. I sådanne tilfælde vil SKAT ikke anse betingelsen i momslovens § 47, stk. 3, 2. pkt. om, at der skal være tale om to særskilte virksomheder, for opfyldt.

I SKM2010.382.VLR fik en skole ikke medhold i, at skolens delvise fradragsret for moms efter momslovens § 38, stk. 1, skulle opgøres under medtagelse af den momspligtige omsætning fra et særskilt af skolen oprettet praktikpladscenter, idet centret, der drev to momspligtige detailhandelsforretninger, efter skolens egen anmodning måtte anses for omfattet af en delregistrering, jf. momslovens § 47, stk. 3, 2. pkt., og derved var en selvstændig afgiftspligtig person, jf. momslovens § 3, stk. 3, 2. pkt.