Opfylder transporten de opstillede krav, skal der ske notering af transporten. Registreringen i Det Centrale Fordringsregister skal så vidt muligt ske samme dag, som Skat modtager anmeldelsen af transporten. For så vidt angår selve registreringen henvises til Vejledning om Centrale Fordringsregister afsnit 2.2.

At Skat noterer transporten betyder, at transporten vil blive respekteret af myndighederne.

Efter transporten er noteret, udfærdiges der en meddelelse til anmelderen af transporten om den stedfundne notering. Er det originale transportdokument fremsendt til Skat ved anmeldelsen, tilbagesendes dokumentet anbefalet til anmelderen sammen med meddelelsen om, at noteringen har fundet sted. Kopi af det originale transportdokument vedlægges sagen.

Genpart af meddelelsen om notering sendes til transportgiveren og transporthaveren.

Det skal angives, hvornår anmeldelsen er modtaget samt hvilken dag, den er noteret. Dette har betydning for transportens prioritetsstilling i forhold til andre civilretlige krav, idet det af GBL § 31 fremgår, at transporten ikke har gyldighed mod transportgiverens kreditorer og øvrige aftaleerhververe, før der er sket denunciation over for fordringsdebitor.

Hvis der er noteret andre anmeldte rettigheder, underrettes transporthaveren om prioritetsstillingen.

I samtlige noteringsmeddelelser tages der desuden forbehold om modregning med statens krav på transportgiveren. Skat skal således ved notering af transporterne tage forbehold om, at statskrav, der er stiftet inden modtagelse af eller formodning om transporten, vil blive modregnet inden udbetalingen.

Et forbehold kan eksempelvis formuleres således:

"Der tages forbehold for modregning for øvrige statskrav samt krav, der måtte være berettigede hertil i henhold til dansk rets almindelige regler for modregning."

Når der skal foretages en manuel behandling hos Skat, således at der ikke først sker automatisk afskrivning, har Skat mulighed for at indsætte en "Skat-markering". Det bevirker, at alle beløb, der går i automatisk afskrivning, herunder negative momsangivelser, overføres til Skat til manuel behandling.

I noteringsmeddelelsen skal der for så vidt angår transport i negative afgiftstilsvar anføres, at fordringen først kan opgøres, når afgiftsangivelserne er modtaget og godkendt af Skat.

Såfremt transportgiveren har toldkredit, og det transporterede beløb er en godtgørelse eller regulering af told- og forbrugsafgifter, som anført i TDL § 36, gøres der i noteringsmeddelelsen opmærksom på, at udbetalingen vil finde sted i overensstemmelse med de i TDL § 36 fastsatte regler.