I visse tilfælde er det en betingelse for at opnå kontingenttoldbehandling, at varemodtageren vedlægger fortoldningsangivelsen særlig dokumentation, se nedenfor. Ved angivelse til fortoldning via edb skal den fornødne dokumentation være til rådighed for ToldSkat på angivelsestidspunktet. For kontingenter, der er omfattet af præferenceaftaler, skal betingelserne for præferencetoldbehandling være opfyldt.
 
EFTA/EØSUdover almindelig oprindelsesdokumentation er det en betingelse for kontingenttoldbehandling af visse fisk og fiskerivarer med oprindelse i EFTA- og EØS-landene, at indførselsprisen (prisen franko grænse) overholder de reference- eller særlige minimumimportpriser, som EU har fastsat.
Ved bedømmelse af, om reference- eller minimumimportpriser er overholdt, sammenlignes den fakturerede pris for varen med reference- eller minimumimportprisen. Varemodtageren skal endvidere i fortoldningsangivelsens rubrik 44 angive en kode for fiskens størrelse samt indførselspris mv.

►Udover almindelig oprindelsesdokumentation er det en betingelse for kontingenttoldbehandling af mineralvand mm. under løbe-nr. 09.0709 med oprindelse i Norge skal der fremlægges et mineralvandscertifikat  udstedt af Statens landbruksforvaltning i Norge, jf. Kommissionens forordning (EF) nr. 2185/2004 (L373 af 21.12.04).◄Bulgarien og RumænienLigesom for visse WTO/GATT-bundne og autonome kontingenter giver nogle kontingentordninger adgang til indførsel med nedsat landbrugselement, hvortil der kræves fremlæggelse af en importlicens. Disse ordninger administreres af EU-direktoratet i forbindelse med licensudstedelsen.
 
For visse jern- og stålprodukter kræves der udover sædvanlig oprindelsesdokumentation fremlagt eksportlicens attesteret af de kompetente myndigheder i eksportlandet.

Visse landbrugsvarer mv. En række toldkontingentordninger for visse landbrugsvarer, f.eks. kød og ost kræver importlicens. Ordningerne administreres af Direktoratet for FødevareErhverv i forbindelse med udstedelsen af licenserne. Løbenummeret starter altid med 09.3xxx eller 09.4xxx.

WTO/GATT-bundne og autonome toldkontingenterKontingenttoldbehandling af visse frugter og frugtsafter (kontingentløbenr. 09.0025, 09.0027 og 09.0033) er betinget af, at der fremlægges et ægthedscertifikat udstedt af de kompetente myndigheder. Se toldvejledningens bilag 20, 21, 22 og 23.

For visse fisk og fiskerivarer er det en betingelse for kontingenttoldbehandling, at indførselsprisen overholder de mindstepriser, EU har fastsat. Er der fastsat mindstepriser, skal varemodtageren i fortoldningsangivelsens rubrik 44 angive en kode for fiskens størrelse, indførselspris mv.De Kanariske øerI medfør af Kommissionens forordning 704/2002 er der åbnet toldkontingenter med følgende kontingentløbenumrene 09.2651, 09.2653, 09.2954, 09.2955, 09.2956, 09.2657 og 09.2997. Toldkontingenterne gælder kun ved indførsel til fri omsætning på De Kanariske øer.

 Varer fremstillet på håndvæv samt håndfremstillede varerEU har etableret et særligt præferencearrangement for visse tekstilvarer fremstillet på håndvæv samt visse andre håndfremstillede varer, hvor den toldfri indførsel er begrænset af toldkontingenter, se Rådets forordning (EØF) nr. 32/2000 af 17. december 1999 (L 5/2000).
 
For kontingentløbenr. 09.0104 og 09.0106 kan kontingentfordelen til enhver tid midlertidigt, fuldstændigt eller delvist tilbagetrækkes i tilfælde af uregelmæssigheder eller manglende administrativt samarbejde om kontrol af ægthedscertifikater.
 
For visse tekstilstoffer fremstillet på håndvæv (kontingentløbenr. 09.0101 og 09.0103) er det bestemt, at varerne skal være stemplede eller plomberede i hver ende af stofstykket. Håndvævede produkter af silke eller bomuld skal endvidere være ledsaget af et fremstillingscertifikat. Se afsnit A.8, samt toldvejledningens bilag 28.
 
Kontingenttoldbehandling af visse varer fremstillet i hånden (kontingentløbenr. 09.0104) er betinget af, at der fremlægges et certifikat vedrørende visse kunsthåndværksprodukter, såkaldte handicrafts, udstedt af de kompetente myndigheder i eksportlandet. Se afsnit  A.8, samt toldvejledningens  bilag 27.

Beskyttelsesforanstaltninger

EU har ved forordning 1447/2004 indført midlertidige beskyttelsesforanstaltninger mod importen af opdrættede laks i form af toldkontingenter for perioden 15. august 2004 - 6. februar 2005. Indføres der opdrættede laks ud over de mængder, der er omfattet af toldkontingenterne, skal der betales en tillægstold.

Importen af opdrættede laks med oprindelse i et af de udviklingslande, der er anført i bilag II til forordningen, er ikke omfattet af toldkontingentordningen, og der kræves ikke tillægstold for sådanne varer. Det er dog en betingelse, at der fremlægges et oprindelsescertifikat udstedt af de kompetente nationale myndigheder i det pågældende land, jfr. artikel 47 i forodrdning 2454/93 (gennemførselsbestemmelserne til toldkodeks), og at varerne transporteres direkte fra det pågældnde land til Fællesskabet.

MiddelshavsområdetFor vin med oprindelse i Algeriet, Marokko og Tunesien (kontingentløbenr. 09.1001, 09.1107 og 09.1205) skal der udover sædvanlig oprindelsesdokumentation fremlægges et certifikat for oprindelsesbetegnelsen attesteret af de kompetente myndigheder. Se bilag 26.
 
Undtagelsesvis kan der i stedet for et certifikat for oprindelsesbetegnelsen fremlægges et VI 1-dokument eller et VI 2-uddrag, der er påtegnet i overensstemmelse med art. 9 i Kommissionens forordning nr. 883/01

Henførsel under toldkontingenterne for afskårne blomster og blomsterknopper i henhold til forordning nr. 747/01 kan afbrydes for storblomstrede og småblomstrede roser, enkeltblomstrede og mangeblomstrede nelliker, hvis det på fællesskabsplan konstateres, at de i forordning nr. 4088/87, senest ændret ved forordning nr. 300/97, fastsatte prisbetingelser ikke overholdes.
 
Der kan ikke senere ske regulering til kontingenttoldbehandling for angivelser, der er modtaget på et tidspunkt, hvor adgangen til kontingenttoldbehandling var suspenderet, selv om kontingentet genåbnes på et senere tidspunkt.

Balkan

I henhold til Kommissionens forordning 2487/2001 kan kontingentløbenr. 09.1515 for varer med oprindelse i Kroatien kun anvendes, når kontingentløbenumrene 09.1588 og 09.1589 er ophørt.

AVSSom en undtagelse fra de særlige bestemmelser i listen i bilag II til protokol 1 i bilag V til AVS/EF-partnerskabsaftalen anses garn af polyester og bomuld (kontingentløbenr. 09.1671), der er fremstillet i Zambia  af korte polyesterfibre uden oprindelsesstatus, for at have oprindelse i Zambia. De EUR 1-certifikater, der udstedes, skal i rubrik 7 indeholde følgende angivelse:

"Undtagelse - afgørelse nr. 1/2001"

Som en undtagelse fra de særlige bestemmelser i listen i bilag II til protokol 1, bilag V til AVS/EF partnerskabsaftalen anses omspundet garn (kontingentløbenr. 09.1698), der er fremstillet i Swaziland af materialer uden oprindelsesstatus, for at have oprindelse i Swaziland. De EUR 1-certifikater, der udstedes, skal i rubrik 7 indeholde følgende angivelse:

"Undtagelse - afgørelse nr. 3/2001"

Som en undtagelse fra de særlige bestemmelser i listen i bilag II til protokol 1 i bilag V til AVS-EF-partnerskabsaftalen betragtes visse former for beklædningsgenstande og hovedbeklædninger (kontingentløbenr. 09.1681 - 09.1699), som er fremstillet i Fiji af materialer uden oprindelsesstatus, der er indført i Fiji, som produkter med oprindelse i Fiji. De EUR 1-certifikater, der udstedes, skal i rubrik 7 indeholde følgende angivelse:

"Undtagelse - afgørelse nr 2/2001"

Som en undtagelse fra de særlige bestemmelser i listen i bilag II til protokol 1 i AVS-EF-partnerskabsaftalen anses tunfiskekonserves og -fiskefileter (kontingentløbenr. 09.1635 og 09.1636) for at have oprindelse i disse lande. Rubrik 7 i EUR 1-varecertifikater, der udstedes i medfør af afgørelsen, skal indeholde følgende angivelse:

"Undtagelse - afgørelse nr. 2/2002"

GSPSom en undtagelse fra bestemmelserne i artikel 67-97 i forordning 2454/93 anses de varer, der er fremstillet i Cambodja på basis af vævet stof eller garn (kontingentløbenr. 09.8052 - 09.8090), som er indført i dette land, og som har oprindelse i lande, der er medlemmer af Sammenslutningen af Sydøstasiatiske Lande (ASEAN) (undtagen Myanmar), Den Sydasiatiske Sammenslutning for Regionalt Samarbejde (SAARC) eller AVS-EF-partnerskabsaftalen, for at have oprindelse i Cambodja. I rubrik 4 i oprindelsescertifikaterne formular A skal være anført:

"Undtagelse - forordning (EF) nr. 1614/2000"

Som en undtagelse fra bestemmelserne i artikel 67-97 i forordning 2454/93 anses de varer, der er fremstillet i Nepal på basis af vævet stof eller garn (kontingentløbenr. 09.8103 - 09.8141), som er indført i dette land, og som har oprindelse i lande, der er medlemmer af Sammenslutningen af Sydøstasiatiske Lande (ASEAN) (undtagen Myanmar), Den Sydasiatiske Sammenslutning for Regionalt Samarbejde (SAARC) eller AVS-EF-partnerskabsaftalen, for at have oprindelse i Nepal. I rubrik 4 i oprindelsescertifikaterne formular A skal være anført:

"Undtagelse - forordning (EF) nr. 1615/2000"

Som en undtagelse fra bestemmelserne i artikel 67-97 i forordning 2454/93 anses de varer, der er fremstillet i Laos på basis af vævet stof eller garn (kontingentløbenr. 09.8003 - 09.8041), som er indført i dette land, og som har oprindelse i lande, der er medlemmer af Sammenslutningen af Sydøstasiatiske Lande (ASEAN) (undtagen Myanmar), Den Sydasiatiske Sammenslutning for Regionalt Samarbejde (SAARC) eller AVS-EF-partnerskabsaftalen, for at have oprindelse i Laos. I rubrik 4 i oprindelsescertifikaterne formular A skal være anført:

"Undtagelse - forordning (EF) nr. 1613/2000"

"Undtagelse - Beslutning 2001/936/EF"

Som en undtagelse fra bestemmelserne i bilag II til afgørelse 91/482/EØF anses frosne fileter af torsk, rødfisk, rødspætte og hellefisk (kontingentløbenr. 09.1651 - 09.1659) for at have oprindelse på Saint Pierre og Miquelon, når de er fremstillet på Saint Pierre og Miquelon på basis af materialer uden oprindelsesstatus. I rubrik 7 i EUR 1-varecertifikater, der udstedes, skal være anført:

"Undtagelse - Beslutning 2001/657/EF"

Som en undtagelse fra bilag III til afgørelse 2001/822/EF anses fiskerivarer (kontingentløbenr. 09.1901 - 09.1913), som er optaget fra havet uden for territorialfarvandene, for at have oprindelse på Falklandsøerne på nærmere fastsatte betingelser. I rubrik 7 i EUR 1-varecertifikater, der udstedes, skal være anført:

"Undtagelse - Beslutning 2002/644/EF"