Den daværende Told- og Skattestyrelse har i 1999 udarbejdet et notat om bl.a. grundlaget for beregning af afgift af overskudsvarme, der afsættes. Notatet har følgende indhold:
"1. Overskudsvarme skal i denne sammenhæng forstås som varme, som udnyttes fra en produktionsproces. Det er således en ubetinget forudsætning for anvendelsen af de særlige regler, at udnyttelsen af overskudsvarmen ikke medfører et forøget brændselsforbrug.
2. Overskudsvarmereglerne er sammenfaldende for de forskellige brændsler. Den særlige ordning for olie, kul og elektricitet for anlæg, hvor etableringen er påbegyndt før 6. april 1995, og hvortil der er søgt om tilladelse til afgiftsgodtgørelse af varmeleverancen inden samme dato, finder dog ikke anvendelse for naturgas.
De udstedte tilladelser gælder kun så længe, der ikke er sket væsentlige ændringer i de faktiske forhold, som forelå ved udstedelsen af tilladelse til afgiftsgodtgørelse af varmeleverancen.
Det er derudover ikke fundet relevant at beskrive disse regler nærmere i dette notat.
3. Afgiften af overskudsvarmen beregnes ud fra den målte varmemængde. Denne mængde skal måles i forbindelse med nyttiggørelsen, dog senest når varmen forlader virksomhedens bygninger.
4. Afgiften af overskudsvarme betales ved, at virksomhedens adgang til afgiftsgodtgørelse nedsættes. Afgiften udgør (i 1999) 47,50 kr. pr. Gigajoule (GJ). For varme, der afsættes til eksempelvis et fjernvarmenet, udgør nedsættelsen dog højest 45 pct. (1999-sats) af vederlaget for varmen.
For naturgas reduceres afgiften og procentsatsen dog ud fra forholdet mellem afgiftssatsen i øre pr. Nm³ og 202, jf. naturgasafgiftslovens § 10, stk. 10. Brøken fremgår af Nyhedsbrev til alle momsregistrerede virksomheder, udsendt august 1999.
Hvis varmen udnyttes fra en proces omfattet af bilaget til CO2-afgiftsloven (proceslisten), udgør afgiften af overskudsvarme 7,50 kr. pr. GJ. For varme, der afsættes, udgør nedsættelsen dog højst 7,5 pct. af vederlaget.
Af forarbejderne til reglerne fremgår det, at der ved det samlede vederlag forstås såvel vederlag, som afregnes i forhold til den leverede mængde varme, som faste bidrag.
Dette skal efter styrelsens opfattelse forstås således, at vederlaget omfatter alle omkostninger for varmeværket forbundet med leveringen af overskudsvarme fra virksomheden.
Udgangspunktet for beregningen af vederlaget er den situation, hvor virksomheden har opsat et anlæg til nyttiggørelse af overskudsvarmen og derefter afsætter varmen til et varmeselskab. Der sker herefter betaling for varmen i forhold til leverancen. Ved overvæltning af overskudsvarmeafgiften bliver afgiften en del af vederlaget. Afgiftens maksimale andel af vederlaget skal dermed beregnes af vederlaget inkl. afgift.
I nogle tilfælde betales der et fast bidrag, fx til administration eller til vedligeholdelse af anlægget. Dette bidrag skal fordeles på den årlige varmemængde, sådan at vederlaget kommer til at omfatte alle udgifter for varmeværket, ved at få varmen leveret til det sted, hvor leverancen anses for at ske. Dette følger af bemærkningerne til L 210 af 6. april 1995, vedtaget som lov nr. 418 af 14. juni 1995.
5. Hvis investeringen i (og evt. driften af) anlægget til udnyttelsen af overskudsvarmen betales af varmeværket, og altså ikke af virksomheden, vil det vil typisk modsvares af, at der vil kunne aftales en lavere pris for varmen. De samlede omkostninger forbundet med, at der sker nyttiggørelse, er imidlertid de samme.
Det er på denne baggrund styrelsens opfattelse, at alle udgifter forbundet med nyttiggørelsen, som virksomheden enten modtager direkte betaling for, eller som varmeværket afholder, indtil varmen anses for leveret til varmeværket på et sted uden for virksomhedens produktionsbygninger, vil skulle indregnes i vederlaget. Begrundelsen for dette er, at i modsat fald ville fastlæggelsen af vederlaget for varmen blive afhængig af den kontraktmæssige fordeling mellem virksomheden og varmeværket af udgiften til nyttiggørelsen af varmen og ikke, som forudsat i lovgivningen, af den reelle pris, som varmeværket betaler for varmen i leveret stand."
Skatterådet har truffet afgørelse i en sag om overskudsvarme, der foræres bort uden modydelse. Skatterådet bekræfter, at spørger kan forære 25 grader vand til en anden virksomhed, uden at det har afgiftsmæssige konsekvenser for spørger. Se SKM2010.737.SR.