For gennemløbsenheder (se definitionen heraf i MBL § 4, nr. 12, og afsnit C.K.10.2) gælder en særlig regel om opgørelse af det indkomstgrundlag, som danner grundlag for beregningen af, hvorvidt kravet til en effektiv minimumsbeskatning på mindst 15 pct. er opfyldt.
Udgangspunktet er, at den regnskabsmæssige nettoindkomst eller det regnskabsmæssige nettotab for gennemløbsenheden nedsættes med beløb, der kan allokeres til enhedens direkte ejere, andre koncernenheder eller fx et fast driftssted, jf. MBL § 18.
►MBL § 18, stk. 1, 1. og 2. pkt. er ændret ved lov nr. 750 af 20. juni 2025 med virkning for regnskabsår, der påbegyndes den 31. december 2023 eller senere. Gennemløbsenhedens regnskabsmæssige nettoindkomst eller -tab skal nedsættes med det beløb, der kan allokeres til ejere uden for koncernen, der ejer andelen i gennemløbsenheden direkte eller gennem en kæde af skattemæssigt transparente enheder. Dette gælder dog ikke, hvis gennemløbsenheden er et ultimativt moderselskab, eller i det omfang et ultimativt moderselskab ejer gennemløbsenheden gennem en kæde af skattemæssigt transparente enheder.◄
Hvis gennemløbsenheden anses for transparent i den jurisdiktion, hvor ejeren er hjemmehørende, anses gennemløbsenheden for en skattemæssig transparent enhed. Anses gennemløbsenheden derimod for et selvstændigt skattesubjekt i den jurisdiktion, hvor ejeren er hjemmehørende, således at to jurisdiktioner kvalificerer enheden forskelligt, så anses enheden for at være en såkaldt omvendt hybrid enhed.
Der er indført særlige regler, som allokerer gennemløbsenhedens regnskabsmæssige nettoindkomst eller tab til gennemløbsenheden selv, hvor gennemløbsenheden er et ultimativt moderselskab og i tilfælde, hvor gennemløbsenheden er en omvendt hybrid enhed.
Under visse betingelser nedsættes den kvalificerede indkomst i en gennemløbsenhed, der er et ultimativt moderselskab, med det beløb af den kvalificerede indkomst, som kan henføres til ejeren af gennemløbsenheden, jf. MBL § 19.