For aktiviteter, hvor der i kvotedirektivet, er fastsat en gradvis indfasning for returnering af kvoter, skal der betales afgift af den mængde kvoter, der svarer til den faktiske udledning i denne periode uden hensyn til indfasning af returneringspligten, jf. EMAL § 1, stk. 3.

Den særlige indfasningsmodel for kvotereturnering for søfart i kvotedirektivets artikel 3gb vil dermed ikke have virkning for afgiftsgrundlaget, der til enhver tid vil udgøre 100 pct. af den verificerede udledning, som vil fremgå af virksomhedens udledningsrapport.  Rederierne skal fx i 2024 returnere kvoter for 40 pct. af de verificerede udledningen, i 2025 skal der returneres 70 pct. og i 2026 og frem 100 pct. I 2025 skal der betales afgift af den fulde udledning.

Indfasningen af kvotereturneringsforpligtelsen har således ikke betydning for afgiftspligten efter emissionsafgiftsloven.