Som nævnt er Israel også et EUR-MED land, men udgør et særtilfælde, når det drejer sig om kontrol af oprindelse. Varer fra de områder som Israel har besat (Golan, Vestbredden og Østjerusalem) kan ikke opnå israelsk præferencestatus ved indførsel i EU.
En særlig ordning for efterfølgende oprindelseskontrol er derfor indført i samarbejde med de israelske toldmyndigheder. En meddelelse herom fra Kommissionen til EU's importører blev den 3. august 2012 offentliggjort i Den Europæiske Unions Tidende C 232, 03.08.2012, side 5.
Arrangementet ("Technical Arrangement") med Israel indebærer, at oprindelsesdokumentation (EUR.1-certifikater, EUR-MED-certifikater, fakturaerklæringer og EUR-MED-fakturaerklæringer) fra Israel skal sammenholdes med en liste over byer, bosættelser og industrielle zoner samt hertil hørende postnumre ("non-eligible locations"), hvorfra varer ikke kan få israelsk oprindelse og derved opnå toldpræference ved import til EU.
Hvis varerne har oprindelse fra en eller flere af de adresser, der optræder på listen, så afvises præferencetoldbehandling.
Vær opmærksom på, at listen over bosættelser er blevet opdateret ad flere omgange og senest i maj 2022. Listen kan findes på Kommissionens hjemmeside på dette link.
EU Domstolen har i sag C-386/08 Brita GmbH afsagt dom vedrørende det geografiske anvendelsesområde i associeringsaftalen indgået mellem EU og Israel.
Firmaet Brita GmbH med hjemsted i Tyskland, importerede nogle varer fra et israelsk firma, beliggende på Vestbredden øst for Jerusalem. Oprindelseslandet var på fakturaerklæringerne blevet angivet som "Israel", hvorfor der blev ansøgt om toldpræference jf. associeringsaftalen mellem EF-Israel ved indførsel til EU. De tyske toldmyndigheder bevilgede på midlertidig grundlag, den toldpræference, som der var ansøgt om, men indledte efterfølgende en kontrol. De israelske myndigheder svarede tilbage, at "det fremgår af den kontrol, som vi har foretaget, at de pågældende varer har oprindelse i en zone, der henhører under de israelske toldmyndigheders ansvar". De tyske toldmyndigheder afslog at bevillige den præferencebehandling, da det ikke med sikkerhed kunne fastslås, at de importerede varer henhørte under associeringsaftalen mellem EF-Israel. EU Domstolen nåede frem til, at varer med oprindelse i Vestbredden ikke er omfattet af det geografiske anvendelsesområde for associeringsaftalen mellem EF-Israel, og er derfor ikke omfattet af den præferencebehandling, som er indført ved denne aftale. På denne baggrund var de tyske myndigheder berettiget til at nægte varerne præferencetoldbehandling med den begrundelse, at disse havde oprindelse i Vestbredden. Se præmis 53 og 54.
EU Kommissionen har endvidere d. 12. november 2015 udsendt en fortolkende meddelelse om oprindelsesangivelser for varer fra de områder, der har været besat af Israel siden juni 1967. Meddelelsen kan findes på dette Link. For mere information omkring mærkning af varer fra Israel, se venligst Fødevarestyrelsens hjemmeside på dette Link.