Der skal indtræde fuld eller begrænset skattepligt i forbindelse med, at medarbejderen begynder ansættelsen under den særlige skatteordning. Den fulde skattepligt kan indtræde i forbindelse med erhvervelse af bopæl, jf. KSL § 1, stk. 1, nr. 1, eller den kan indtræde efter opholdsreglen i KSL § 1, stk. 1, nr. 2. Hvis opholdet i Danmark har en sammenhængende varighed på mindst 6 måneder, indtræder den fulde skattepligt fra opholdets begyndelse.

Hvis medarbejderen flytter til Danmark, kan der være behov for en periode til flytning og indretning af bolig. Opholdet i Danmark kan derfor i denne situation ifølge praksis starte op til en måned, før medarbejderen begynder ansættelsen, selv om der indtræder fuld skattepligt ved opholdets begyndelse. Medarbejderen må ikke i denne periode have indkomst fra Danmark af den slags, som er nævnt i KSL § 2, stk. 1, nr. 1-4, 7 eller 9-29, eller stk. 2, om begrænset skattepligt af bl.a. lønindkomst, indkomst fra erhverv med fast driftssted her i landet, pensioner, sociale ydelser m.v. Se bemærkningerne til § 1, nr. 3, i Lovforslag nr. 162/2007.

Landsskatteretten har i en kendelse af 10. september 2009 (j.nr. 08-01179 - www.afgoerelsesdatabasen.dk) godkendt, at forskerordningen kunne anvendes, selv om der gik to måneder fra medarbejderen rejste ind i Danmark, til han begyndte at arbejde. Ansættelsen i Danmark var blevet udsat på grund af udefra kommende begivenheder, og medarbejderen havde brugt de to måneder til at flytte og holde ferie. Landsskatteretten vurderede, at medarbejderen startede på at arbejde i tilstrækkelig tidsmæssig sammenhæng med skattepligtens indtræden.

Hvis medarbejderen ophører med en ansættelse under den særlige skatteordning, kan medarbejderen fortsætte i en ny ansættelse under skatteordningen, hvis medarbejderen tiltræder den nye ansættelse senest en måned efter ophør af den tidligere stilling. De øvrige betingelser for at anvende ordningen skal være opfyldt, men medarbejderen behøver ikke at fraflytte Danmark i den mellemliggende periode på højst en måned. Se KSL § 48 F, stk. 2, 2. pkt.