Når en ansættelse under den særlige skatteordning ophører, gælder der i visse tilfælde særlige regler om efterbeskatning, hvis en medarbejder bliver ved med at være skattepligtig til Danmark efter det tidspunkt, hvor der er gået mere end 48 måneder ud over den periode af en samlet varighed på højst 36 eller 60 måneder, hvor medarbejderen har været omfattet af ordningen.

Efterbeskatning betyder, at den indkomst, der tidligere er blevet beskattet under den særlige skatteordning, overføres til den skattepligtige almindelige indkomst for de pågældende indkomstår. Den betalte skat behandles som indeholdt foreløbig skat, jf. KSL § 48 F, stk. 6, 3. pkt., jf. stk. 13. Hvis indeholdelsen er sket med et for lavt beløb, modregnes det manglende beløb i eventuel overskydende skat, jf. KSL § 62, stk. 1. Det sker før der beregnes procentgodtgørelse af overskydende skat. Er indeholdelsen af skat sket med et for stort beløb, modregnes dette i eventuel restskat, før der beregnes procenttillæg heraf, jf. KSL § 61, stk. 1. Fører modregningen til et samlet resterende beløb, opkræves dette efter beregning af procenttillæg i 3 rater - normalt - den 1. i hver af månderne september, oktober og november i året efter indkomståret. Se bemærkninger til § 1, nr. 23, i Lovforslag nr. 197/2008 (Lov nr. 521/2009). Bestemmelserne i KSL §§ 62 og 62 A om modregning af restancer og renteberegning af overskydende skat og restskat efter 1. oktober i året efter indkomståret finder ligeledes anvendelse, jf. KSL § 48 F, stk. 13. 

Reglerne om efterbeskatning gælder kun for medarbejdere, der har været skattepligtige til Danmark inden for de seneste 5 år forud for den første ansættelse, hvor de har anvendt den særlige skatteordning. Bestemmelsen omfatter både medarbejdere der har været fuldt skattepligtige efter KSL § 1 og medarbejdere, der har været begrænset skattepligtige af indkomst omfattet af KSL § 2, stk. 1, nr. 1-4, 7 eller 9-29, eller stk. 2.

En medarbejder, der er omfattet af 5-års-reglen, vil blive efterbeskattet, hvis den fulde skattepligt ikke bringes til ophør senest på det tidspunkt, hvor er gået højst 48 måneder ud over de højst 36 eller 60 måneder, hvor den særlige skatteordning har været anvendt. Hvis medarbejderen har opholdt sig i Danmark på almindelig indkomstbeskatning mellem to eller flere perioder med beskatning under ordningen, medregnes disse perioder til de 48 måneder. Den fulde skattepligt skal være ophørt i mindst 3 år, jf. KSL § 48 F, stk. 6, 1. pkt. Dette gælder også, selv om medarbejderen fraflytter Danmark, før de 48 måneder er gået.

En medarbejder, der er omfattet af 5-års-reglen, vil endvidere blive efterbeskattet, hvis medarbejderen i den nævnte 3-års periode efter udløb af perioden på højst 36 eller 60 måneder + 48 måneder er eller bliver begrænset skattepligtig i forbindelse med ansættelse hos en arbejdsgiver, når medarbejderen tidligere har været beskattet under den særlige skatteordning ved ansættelse hos den pågældende arbejdsgiver eller en virksomhed i samme koncern, jf. KSL § 48 F, stk. 6, 2. pkt. Ansættelse i en anden koncern som begrænset skattepligtig medfører ikke efterbeskatning.

Kravet om efterbeskatning gælder ikke for forskere, hvis kvalifikationer er godkendt af en offentlig forskningsinstitution eller et forskningsråd, eller for personer, hvor et forskningsråd attesterer, at medarbejderen skal udføre forsknings- og udviklingsarbejde, jf. KSL § 48 F, stk. 7. Se afsnit D.B.5.1.9.