Selskaber og foreninger m.v., der overgår fra beskatning efter selskabsskattelovens § 1, stk. 1, nr. 3 til beskatning efter andre regler i samme lovs § 1, bortset fra § 1, stk. 1, nr. 6, er undergivet en særlig overgangsbeskatning, jf. selskabsskattelovens § 5B. Der skal således ved overgangen ske en opgørelse af den formue, som er opsamlet i selskabet eller foreningen m.v. under beskatningen efter § 1, stk. 1, nr. 3 eller en tilsvarende beskatning.
Det opgjorte beløb er skattepligtig indkomst for selskabet eller foreningen m.v. Beskatningen indtræder dog først i takt med, at selskabet eller foreningen efter overgangen foretager udlodninger som nærmere præciseret i selskabsskattelovens § 5B, stk. 4. Ifølge selskabsskattelovens § 19, stk. 2, beskattes skattepligtige beløb efter § 5B med en procentsats på 50.
Told- og Skattestyrelsen er blevet gjort bekendt med, at der hos såvel de skattelignende myndigheder som hos skatterådgiverne hersker tvivl om, hvorvidt den pågældende (overgangs-)skat i selskabsskattelovens § 5B er at betragte som en selvstændig skat, der særskilt skal opkræves, eller om overgangsskatten skal tillægges den øvrige skattepligtige indkomst hos skattesubjektet via en omregning og dermed gøres til genstand for bl.a. afskrivninger og underskudsmodregning.
På denne baggrund har Told- og Skattestyrelsen meddelt, at beskatningen efter selskabsskattelovens § 5B sker ifølge samme lovs § 19, stk. 2, ved en særlig skatteprocent på 50. Opgørelsen af den skattepligtige indkomst efter selskabsskattelovens § 5B opgøres som en seperat indkomst, hvori der ikke kan fratrækkes udgifter, eksempelvis afskrivninger og underskud fra andre indkomsttyper.
Beløbet skal angives ved selvangivelsen for overgangsåret, og beskattes således i takt med at udlodningerne til deltagerne foretages.
Oplysninger om overgangsbeskatningen i selskabsskattelovens § 5B angives af de lokale skattelignende myndigheder til Told- og Skattestyrelsen, Virksomhedssystemkontoret, med henblik på at opkrævningen af skatten kan foretages.
Beregningen af skatten indtil indkomståret 2000 sker manuelt og foretages af Told- og Skattestyrelsen. Opkrævningen at skatten til selskabet udsendes af ToldSkats centrale bogholderi i København.
Beregningen for indkomståret 2001 og fremefter, sker også manuelt og foretages af Told- og Skattestyrelsen. Den opkrævede overgangsskat vil fremgå af selskabets årsopgørelse som en manuel beregnet skat.