Momsbekendtgørelsens § 54 fastsætter reglerne for, hvordan de enkelte konti skal afsluttes.

Momskontiene afsluttes ved hver momsperiodes udløb. Saldoen på kontoen for købsmoms og saldoen på kontoen for moms af moms af varekøb mv. udlandet, jf. bekendtgørelsens § 52, stk. 4, overføres til salgsmomskontoen. Salgs- og købsmomskontiene viser henholdsvis det momsbeløb, som virksomheden skal indbetale til told- og skatteforvaltningen, og det momsbeløb, som virksomheden skal have godtgjort.

Ved indbetalingen til eller udbetalingen fra told- og skatteforvaltningen føres det betalte eller godtgjorte beløb på kontoen for salgsmomsen, der hermed udlignes.

I stedet for at overføre købsmomsen og momsen af varekøb mv. i udlandet til kontoen for salgsmomsen kan virksomheden oprette en konto for afregning med told- og skatteforvaltningen og overføre momsen hertil.

Momsregnskabet for en momsperiode skal være ført inden momsangivelsens indsendelse. told- og skatteforvaltningen kan kræve, at virksomhedens bogføring efter en frist på mindst 14 dage skal være ajourført for momsperioder, for hvilke fristen for indsendelse af angivelsen er udløbet, jf. § 67, stk. 2, i bekendtgørelsen.