Efter EF-domstolens praksis er et holdingselskabs indgriben i administrationen af selskaber, som det har erhvervet kapitalandele i, en økonomisk virksomhed i Momssystemdirektivets artikel 9, stk. 1's forstand (sjette direktivs artikel 4, stk. 2's forstand), i det omfang denne indgriben indebærer iværksættelse af transaktioner, der er undergivet moms i henhold til direktivets artikel 2, herunder holdingselskabets levering af tjenesteydelser med hensyn til administration samt finansielle, kommercielle og tekniske forhold til datterselskaberne. Jf. dommene i sagerne C-142/99, Floridienne og Berginvest, og C-16/00, Cibo Participations SA. Se også Den juridiske vejledning, afsnit, D.A.3.1.4.2.4.

I sag C-16/00, Cibo Participations SA, har EF-domstolen udtalt, at udgifter, som et holdingselskab har afholdt til forskellige tjenesteydelser, det har erhvervet i forbindelse med overtagelse af kapitalandele i et datterselskab, indgår i dets generalomkostninger og således i princippet har en direkte og umiddelbar tilknytning til dets samlede økonomiske virksomhed.

Et moderselskab eller et holdingselskab har således fradragsret efter momslovens almindelige regler for købsmomsen på udgifter i forbindelse med erhvervelse af selskabsandele i et datterselskab, jf. EF-domstolens dom i sagen C-16/00, Cibo Participations SA, hvis erhvervelsen udgør økonomisk virksomhed i 6. momsdirektivs forstand. Fradraget beregnes efter momslovens almindelige bestemmelser.

I SKM2002.406.LSR har Landsskatteretten godkendt fradrag for moms af rådgiverudgifter afholdt af diverse selskaber i koncern i forbindelse med omstrukturering af koncernen. Landsskatteretten lægger til grund, at de omhandlede udgifter ikke vedrører kapitaludvidelser i de af fællesregistreringen omfattede selskaber, men selskabernes køb af aktier i andre selskaber. Det fremgår af EF-domstolens dom i sagen C-16/00 (Cibo Participations SA) præmis 35, at udgifter, som et holdingselskab har afholdt til forskellige tjenesteydelser, det har erhvervet i forbindelse med overtagelse af kapitalandele i et datterselskab, indgår i dets generalomkostninger og således i princippet har en direkte og umiddelbar tilknytning til dets samlede økonomiske virksomhed. Landsskatteretten henså til, at der på tidspunktet for udgifternes afholdelse var praksis for at godkende fuldt fradrag for sådanne holdingselskabers momsbelagte udgifter, jf. TfS 1999.908.

Ved TfS 1999, 908, blev praksis ændret med virkning fra den 6. december 1999. Om praksisændringen i TfS 1999, 908, og om delvis fradragsret for momsregistrerede holdingselskaber m.fl., der har indtægter, der falder uden for momslovens anvendelsesområde, se J.2.1.2.