For gennemløbsenheder (se definitionen heraf i MBL § 4, nr. 12, og afsnit C.K.10.2) gælder en særlig regel om opgørelse af det indkomstgrundlag, som danner grundlag for beregningen af, hvorvidt kravet til en effektiv minimumsbeskatning på mindst 15 pct. er opfyldt.

Udgangspunktet er, at den regnskabsmæssige nettoindkomst eller det regnskabsmæssige nettotab for gennemløbsenheden nedsættes med beløb, der kan allokeres til enhedens direkte ejere, andre koncernenheder eller fx et fast driftssted, jf. MBL § 18.

Hvis gennemløbsenheden anses for transparent i den jurisdiktion, hvor ejeren er hjemmehørende, anses gennemløbsenheden for en skattemæssig transparent enhed. Anses gennemløbsenheden derimod for et selvstændigt skattesubjekt i den jurisdiktion, hvor ejeren er hjemmehørende, således at to jurisdiktioner kvalificerer enheden forskelligt, så anses enheden for at være en såkaldt omvendt hybrid enhed.

Der er indført særlige regler, som allokerer gennemløbsenhedens regnskabsmæssige nettoindkomst eller tab til gennemløbsenheden selv, hvor gennemløbsenheden er et ultimativt moderselskab og i tilfælde, hvor gennemløbsenheden er en omvendt hybrid enhed.

Under visse betingelser nedsættes den kvalificerede indkomst i en gennemløbsenhed, der er et ultimativt moderselskab, med det beløb af den kvalificerede indkomst, som kan henføres til ejeren af gennemløbsenheden, jf. MBL § 19.