Uanset hvorledes købet af ejendommen finansieres, beregnes afgiften af den kontante købesum med tillæg af de ydelser, som er nævnt ovenfor i afsnit C.1.3.1, og som ikke er medtaget i den kontante købesum.

Indtil den 1. maj 2011 var formuleringen i tinglysningsafgiftsvejledningen ikke korrekt, da det fremgik, at der ved ejerskifte af fast ejendom skulle beregnes afgift af den kontante købesum, uanset hvordan købet finansieres. Det fremgik nemlig af tinglysningsafgiftslovens § 3, stk. 1, 1. pkt., at ved beregning af afgiften medregnes til ejerskiftesummen det samlede nominelle vederlag. Formuleringen har fremgået af vejledningen fra 7. september 2009. Fra og med den 1. maj 2011 er reglerne ændret, således at det nu er det samlede kontante vederlag, der skal anvendes, uanset hvorledes købet finansieres.

Formuleringen har i de fleste tilfælde været uden betydning for afgiftsberegningen, idet ejendomshandler for hovedparten gennemføres som kontante handler. Der kan imidlertid ske tilbagebetaling af afgift af tinglysninger foretaget fra og med den 7. september 2009, såfremt der er betalt afgift af den kontante købesum, og den har været højere end købesummens nominelle værdi. Det bemærkes dog, at såfremt den offentlige ejendomsværdi har været højere end købesummens nominelle værdi, skal der betales afgift heraf, jf. Tinglysningsafgiftslovens § 4, stk. 2. Tilbagebetaling af afgiften kan beregnes som 0,6 pct. af forskellen mellem den kontante og den nominelle værdi af købesummen. Tilbagebetaling af afgift kan ske ved henvendelse til SKATs afdeling i Høje-Taastrup, Helgeshøj Allé 9, 2630 Taastrup. Der skal medsendes dokumentation for den betalte afgift, samt for opgørelsen af den nominelle ejerskiftesum.

Tilbagebetaling sker efter de almindelige regler i Skatteforvaltningslovens § 31, stk. 2. Det betyder, at fristen for at anmode SKAT om at få tilbagebetalt afgift er senest 3 år efter den dato, hvor tinglysningen er foretaget. For tinglysninger, som er foretaget af virksomheder (f.eks. banker og realkreditinstitutter), som er frivilligt registreret hos SKAT efter tinglysningsafgiftslovens § 17, og som har foretaget tinglysning på kunders vegne, eller på egne vegne, kan der anmodes om tilbagebetaling senest 3 år og 15 dage efter udgangen af den måned, hvor tinglysningen er foretaget.