Reglerne om registrering af et ejerforhold til et skib findes i § 11.

Skiberegistret består af tre registre; Fartøjsfortegnelsen, Skibsregistret og Dansk Internationalt Skibsregister. Skibe med en bruttotonnage på 5 eller derunder kan ikke registreres i skibsregistret.

Registrering af et ejerforhold til et fiskeskib eller til et fritidsfartøj udløser en registreringsafgift på 4 promille af ejerskiftesummen, jf. § 11, stk. 1. Registrering af et ejerforhold til andre skibe end fiskeskibe og fritidsfartøjer udløser en registreringsafgift på 1 promille af ejerskiftesummen., jf. § 11, stk. 2. Registrering af adkomstændringer vedrørende skibe i forbindelse med selskabsfusioner mv. er afgiftsfri, jf. § 15, stk. 1, nr. 1.

Registreringsafgiften udløses ikke kun ved en registrering af et ejerskifte, men også ved registrering af et ejerforhold, der ikke sker i forbindelse med et ejerskifte. Hvis registreringen af ejerforholdet ikke sker i forbindelse med et ejerskifte, skal afgiften beregnes af skibets værdi på registreringstidspunktet. Det betyder bl.a., at der skal betales registreringsafgift, hvis et skib overføres fra et udenlandsk register til Skibsregistret, uden at skibet skifter ejer, fordi der sker en registrering af ejerforholdet i et dansk register. Hvis der sker en ren overføring af ejerrettigheder mellem Fartøjsfortegnelsen, Skibsregistret og Dansk Internationalt Skibsregister, skal der ikke betales registreringsafgift, fordi ejerforholdet allerede er registreret i et dansk register.

Der skal betales registreringsafgift, selvom registreringen af ejerforholdet er midlertidig. Hvis et ejerforhold er registreret betinget, er den endelige registrering af forholdet afgiftsfri.

Der skal ikke betales registreringsafgift ved registrering af ejerforholdet til et nybygget skib, hvis registreringen sker på grundlag af skibsbygningsattesten.

I henhold til BEK. § 2 skal ejerskiftesummen være udtryk for markedsprisen. Således vil ejerskiftesummen altid som minimum svare til den værdi skibet har ved salg til ophugning, svarende til skrotværdien. Hvis der ikke foreligger en ejerskiftesum, skal den afgiftspligtige afgive en erklæring om skibets værdi på anmeldelsestidspunktet. Hvis den afgiftspligtige ikke har afgivet en værdierklæring, eller hvis der er tvivl om rigtigheden af den angivne værdi af skibet, kan afgiftsmyndigheden få værdien fastsat ved en vurdering af skibet, jf. § 3, stk. 3, og BEK. § 2, stk. 2. Denne vurdering sker efter reglerne om isoleret bevisoptagelse (syn og skøn). Den afgiftspligtige hæfter for omkostningerne ved vurderingen. Hvis vurderingen skyldes, at afgiftsmyndigheden har skønnet, at værdiangivelsen var for lav, skal statskassen bære omkostningerne, medmindre den nye vurdering ligger mere end 10 % over den afgiftspligtiges værdiangivelse.

Fiskerettigheder
Indgår der i ejerskiftesummen tillige betaling for erhvervelse af fiskerettigheder, skal betalingen herfor ikke medtages i den afgiftspligtige ejerskiftesum.Det er derfor vigtigt at købesummen opdeles på betaling for fartøjet og betaling for andet; herunder betaling for fiskerettigheder.