Rejsebureauer, som anvender model 1 eller model 2, skal efter regnskabsårets udløb regulere den angivne og betalte moms i regnskabsåret som følge af konstaterede differencer mellem den realiserede (faktiske) margen og den foreløbige margen.

Reguleringen indebærer for det første, at rejsebureauet skal beregne bureauets fortjenstmargen i relation til rejsebureauydelser, omfattet af særordningen, og hvor rejsen er påbegyndt i regnskabsåret. For det andet skal bureauet beregne den moms, som er incl. i den realiserede fortjenstmargen, og for det tredje, sammenholde denne moms med den moms, som er angivet og beregnet på grundlag af model 1 og model 2 i regnskabsåret.

I begge modeller kan evt. negativ fortjenstmargen for nogle rejser modregnes i positiv fortjenstmargen for de øvrige rejser ved den årlige regulering. 

Reguleringen af momsen skal ske i den afgiftsperiode, som følger umiddelbart efter den periode, hvori den faktisk realiserede margen for hele regnskabsåret er kendt. Det indebærer, at regulering af momsen ikke nødvendigvis skal ske i den momsperiode, som følger umiddelbart efter udløbet af regnskabsåret. Regulering skal dog foretages snarest efter og ikke senere end 6 måneder efter regnskabsårets afslutning.

Momsen er dermed endelig afregnet for det pågældende regnskabsår. Skulle der vise sig behov for yderligere reguleringer p.g.a. fejl (i modsætning til reguleringer som følge af, at eksempelvis udgiften først er kendt efter regnskabets godkendelse), skal disse reguleringer foretages på en efterangivelse, så snart rejsebureauet bliver opmærksom på forholdet.

*Se afsnit 1.14.1.1. vedrørende modtagne forudbetalinger fra de rejsende henholdsvis forudbetalinger til rejsebureauets leverandører vedrørende rejser, der påbegyndes i et efterfølgende regnskabsår.

Momsen er dermed endelig afregnet for det pågældende regnskabsår. Skulle der vise sig behov for yderligere reguleringer p.g.a. fejl (i modsætning til reguleringer som følge af, at eksempelvis udgiften først er kendt efter regnskabets godkendelse), skal disse reguleringer foretages på en efterangivelse, så snart rejsebureauet bliver opmærksom på forholdet.