Valg af skatteregime kan udgøre en særlig problemstilling. Uanset at der er tale om transaktioner på tværs af landegrænser, er det Skattestyrelsens anbefaling, at der ved opgørelsen af skattemæssige forhold anvendes det skatteregime, hvor virksomheden, der værdiansættes, er beliggende/hjemmehørende. Hvis der er tale om en dansk virksomhed, anvendes danske skatteregler, hvis der er tale om en tysk virksomhed, anvendes tyske skatteregler osv.

Det er således Skattestyrelsens anbefaling, at der kun tages hensyn til ét skatteregime ved værdiansættelsen. Der skal under alle omstændigheder anvendes et konsistent skatteregime gennem hele værdiansættelsen. Det vil sige samme skattesats i cashflow, skatteskjold i diskonteringsfaktor og ved beregning af værdien af de skattemæssige afskrivninger. Sidstnævnte er udelukkende aktuelt ved værdiansættelse af afskrivningsberettigede aktiver.

Såfremt der er tale om overdragelse af et selskab, der på overdragelsestidspunktet har uudnyttede underskud, bør disse underskud også indgå i selve skatteberegningen. Dette gælder, uanset om disse underskud måtte hidrøre fra en aktivitet, som ikke længere er en del af selskabet.

Såfremt der alene er tale om en overdragelse af en aktivitet, kan uudnyttede underskud ikke indgå i selve budgettet, dvs. opbygningen af cashflow, idet underskuddene alene følger den juridiske enhed.

Som udgangspunkt anvendes de skattesatser, som var gældende på overdragelsestidspunktet.

Det bemærkes, at der ved værdiansættelse af realaktiver skal indregnes værdien af de skattemæssige aktiver.