SKAT udgiver 2 gange årligt en lønsumsafgiftsvejledning, som er en samling af de gældende regler på området. Vejledningen er opbygget efter lønsumsafgiftslovens systematik.

Vejledningens formål er at være en hjælp i det praktiske arbejde med regler vedr. lønsumsafgift, for både SKATs medarbejdere, virksomheder og deres revisorer, advokater m.fl. i arbejdet med at sikre en korrekt afregning af lønsumsafgift.

Vejledningen er udtryk for SKATs opfattelse af gældende praksis og giver en udførlig beskrivelse af reglerne. Der er i teksten bl.a. henvist til de love og bekendtgørelser, der er relevante for lønsumsafgiftsloven.

I Folketingsåret 2008/2009 blev Skattereformen, Forårspakke 2.0, vedtaget. Der er i alt vedtaget 13 love, hvoraf en indeholder ændringer af momsloven og lønsumsafgiftsloven. Som udgangspunkt har ændringerne af momsloven virkning fra 1. januar 2011. Konsekvensændringerne af lønsumsafgiftsloven har ligeledes virkning fra 1. januar 2011. Ændringerne vil blive indarbejdet i vejledningen senest i Lønsumsafgiftsvejledning 2011-1.

Derudover indeholder ændringsloven en ændring af lønsumsafgiftsloven med virkning fra 1. januar 2013. Denne ændring vil blive indarbejdet i vejledningen senest i Lønsumsafgiftsvejledning 2013-1.

Landsskatteretten fandt i SKM2009.71.LSR, at den løn, som virksomheden i opsigelsesperioden har udbetalt til sine opsagte fritstillede medarbejdere er at betragte som løn udbetalt til de pågældende. De udbetalte lønninger skal derfor indgå ved opgørelse af virksomhedens afgiftsgrundlag.

SKAT har på baggrund af Landsskatterettens kendelse i SKM2009.147.LSR udsendt SKM2009.33.SKAT om genoptagelse og ændring af hidtidig praksis, hvorefter lønsumsafgiftspligtige virksomheder skulle medregne løntilskud/lønrefusioner vedrørende ansatte i fleksjob i lønsumsafgiftsgrundlaget.

SKAT har i SKM2009.283.SKAT udtalt, at offentlige trafikselskaber er omfattet af lønsumsafgiftspligten fra 1. januar 2009. Det er uden betydning, om driften er udliciteret til entreprenører.

SKAT har på baggrund af Højesterets dom i SKM2008.542.HR om almene boligorganisationer udsendt genoptagelsesmeddelelse SKM2009.320.SKAT. Meddelelsen er korrigeret ved SKM2009.331.SKAT.