De aktiver, der indgår i tonnageskatteordningen, skal i afskrivningsmæssig forstand udskilles fra de af selskabets aktiver, der indgår i anden virksomhed, og som fortsat kan afskrives efter de almindelige regler. Dette hænger sammen med at der ikke foretages fradrag for afskrivninger på aktiver under tonnageskatteordningen.

I Landskatterettens kendelse SKM2009.734.LSR, kunne der ikke foretages fradrag for afskrivning på overfartsrettigheder, idet fradragsbegrænsningen i TSL § 15, stk. 3, tillige omfatter afskrivninger på aktiver, der er omfattet af tonnageskatteloven, og som derfor ikke er begrænset af andre bestemmelser i tonnageskatteloven.

De skibe og andre driftsmidler, som før overgang til tonnagebeskatning har været afskrevet efter de almindelige afskrivningsregler, skal der ved afhændelse ske beskatning af eventuelle avancer og genvundne afskrivninger (de udskudte skatter), medmindre de erstattes af andre tilsvarende aktiver. Der skal dog kun ske beskatning af eventuelle avancer og genvundne afskrivninger, hvis rederivirksomheden reduceres i forhold til niveauet på det tidspunkt, rederiet blev omfattet af tonnageskatteordningen.

Endelig kan der ske beskatning af avancer på skibe, der erhverves efter overgang til tonnagebeskatning.