Formålet med den materielle registreringskontrol er at sikre, at den anmeldte virksomhed rent faktisk har den virksomhedsform, som den ifølge anmeldelsen påstår at have, og i den forbindelse fastlægge virksomhedens hæftelsesforhold over for told- og skatteforvaltningen.

I den materielle registreringskontrol skal også indgå en kontrol af, om den drift, virksomheden anmelder til registrering for, er indeholdelsespligtig, afgiftspligtig mv.

Som eksempel herpå kan nævnes en vurdering af, om den pågældende virksomhed overhovedet er en selvstændig erhvervsvirksomhed, eller om der reelt foreligger et lønmodtagerforhold. Sidstnævnte hverken kan eller skal registreres.

Endvidere indgår der i kontrollen en undersøgelse af, om den pågældende har gæld til told- og skatteforvaltningen, og der er tale om eventuel stråmandsvirksomhed, ligesom den anmeldte virksomhed og dens ejere tjekkes i  "Træsko-registret", se D.1.4.2.6, og i "KINFO-registret".