Formålet med den materielle registreringskontrol er at sikre, at den anmeldte virksomhed rent faktisk har den virksomhedsform, som den ifølge anmeldelsen påstår at have, og i den forbindelse fastlægge virksomhedens hæftelsesforhold over for told- og skatteforvaltningen.

I den materielle registreringskontrol skal også indgå en kontrol af, om den drift, virksomheden anmelder til registrering for, er indeholdelsespligtig, afgiftspligtig mv.

Som eksempel herpå kan nævnes en vurdering af, om den pågældende virksomhed overhovedet er en selvstændig erhvervsvirksomhed, eller om der reelt foreligger et lønmodtagerforhold. Sidstnævnte hverken kan eller skal registreres.

Endvidere indgår der i kontrollen en undersøgelse af, om den pågældende har gæld til told- og skatteforvaltningen, og der er tale om eventuel stråmandsvirksomhed, ligesom den anmeldte virksomhed og dens ejere tjekkes i  "Træsko-registret", se D.1.4.2.6, og i "KINFO-registret".

I bekendtgørelse nr. 414 af 3. juni 2004, Bekendtgørelse om virksomhedsregistrering - overførsel af opgaver fra skatteministeren til økonomi- og erhvervsministeren, der er omtalt ovenfor i D.1.4.1, er det i § 5 fastsat, at Erhvervs- og Selskabsstyrelsen foretager en indledende kontrol og validering af data ved opslag i told- og skatteforvaltningens elektroniske registre og systemer.

Sager, hvor en materiel registreringskontrol er påkrævet, vil som udgangspunkt være blandt de sager, der som følge af, at de kræver en egentlig skatte- og afgiftsfaglig kompetence, jf. bekendtgørelsens § 4, oversendes til told- og skatteforvaltningen.