Anvendelsen af reglerne om særlig toldgodtgørelse forudsætter - i modsætning til reguleringsreglerne - at nærmere fastsatte krav til varernes anvendelse eller bestemmelse skal være opfyldt, før der gives godtgørelse af eller fritagelse for told. Endvidere mister varerne deres karakter af EU-varer.
 
Reglerne for særlig toldgodtgørelse findes i toldkodeksens art. 237-239
 
 
Momslovens § 45, stk. 6 Der kan gives momsgodtgørelse i samme omfang og på tilsvarende betingelser, som gælder for særlig toldgodtgørelse.