Ved opgørelsen af den skattepligtige indkomst kan foreninger m.v. omfattet af SEL § 1, stk. 1, nr. 6, fradrage driftsomkostninger. Efter bestemmelsen i SEL § 9, stk. 1, 1. pkt., kan fradrag dog kun foretages for udgifter, som vedrører indkomstkilder, hvis indtægter er skattepligtige, dvs. udgifter som knytter sig til indtægter ved erhvervsmæssig virksomhed. Desuden skal udgifterne være fradragsberettigede efter skattelovgivningens almindelige regler.

I LSRM 1977, 6 LSR kunne udgifter til byggelånsrenter og ejendomsskatter i byggeperioden fradrages, selv om der ikke i de pågældende indkomstår var oppebåret lejeindtægter, idet ejendommen efter færdiggørelsen skulle anvendes erhvervsmæssigt.

Driftsudgifter, der opfylder betingelserne for fradrag efter de almindelige skatteregler, og som alene vedrører erhvervsindtægten, kan umiddelbart indgå i indkomstopgørelsen. Omvendt skal udgiftsposter holdes uden for opgørelsen af den skattepligtige indkomst, hvis de enten ikke er fradragsberettigede i almindelighed, eller hvis de ikke har tilknytning til den erhvervsmæsige virksomhed. Se hertil Landsskatterettens afgørelse i LSRM 1967, 7 LSR, hvor en forening, der havde påtaget sig en løbende forpligtelse, ikke kunne fratrække ydelsen i indkomstopgørelsen. Betingelserne for fradrag efter LL § 14, stk. 2 (nu LL § 12, stk. 2) var ganske vist opfyldt, men forpligtelsen vedrørte ikke den skattepligtige indkomstkilde.

Der er på tilsvarende vis som i ovennævnte afgørelse heller ikke fradragsret for gaver i henhold til LL § 8 A.

I de fleste foreninger med både skattepligtige og skattefri bruttoindtægter vil der være udgiftsposter, som ikke entydigt kan henføres til erhvervsindtægten og som heller ikke entydigt er erhvervsindtægten uvedkommende. Ved indkomstopgørelsen må der i sådanne tilfælde ske en opdeling af udgiftsposterne, således at den del, som vedrører erhvervsindtægten, udskilles til fradrag. Opdelingen må foretages efter et skøn, som for den enkelte forening medfører et rimeligt resultat. Der kan ikke opstilles generelle regler for skønnet, men for visse kategorier af erhvervsvirksomhed har der i praksis udviklet sig retningslinier for skønnet.

I foreninger, som foretager indkøb af varer til levering både til medlemmer og ikke-medlemmer, vil den del af fællesomkostningerne, der vedrører leverancer til ikke-medlemmer, som oftest kunne udregnes efter forholdet mellem bruttoindtægten for disse leverancer og den samlede bruttoindtægt ved leverancer til medlemmer og ikke-medlemmer.

Således er det ikke alene de omkostninger, der er afhængige af aktiviteten, der fradrages forholdsmæssigt efter omsætningens fordeling på medlemmer og ikke-medlemmer, men tillige fællesomkostningerne, således at den fradragsberettigede omkostningsandel som ovenfor beskrevet ansættes skønsmæssigt, ved at den del af fællesomkostningerne, der vedrører leverancer til ikke-medlemmer, bliver udregnet efter forholdet mellem bruttoindtægten for disse leverancer og den samlede bruttoindtægt ved leverancer til medlemmer og ikke-medlemmer.

Ved drift af fast ejendom med udlejning af lejligheder til såvel medlemmer som ikke-medlemmer, vil udgifter til prioritetsrenter, ejendomsskatter, forsikring og udvendig vedligeholdelse m.v. kunne fordeles på grundlag af de oppebårne lejeindtægter, således at den del af udgifterne, som svarer til forholdet mellem lejeindtægter fra ikke-medlemmer og de samlede lejeindtægter, anses for udgifter, der vedrører den erhvervsmæssige aktivitet i foreningen og dermed er fradragsberettigede. Det er her en forudsætning for fordelingen af udgifter på grundlag af lejeindtægter, at disse udredes med samme beløb af medlemmer og ikke-medlemmer for ensartede lejligheder. Ofte er denne forudsætning ikke til stede i andelsboligforeninger, hvor boligbidrag fra medlemmerne afviger væsentligt i størrelse fra huslejer, som udredes af ikke-medlemmer for tilsvarende lejligheder. Det er derfor nødvendigt, hvis man vil benytte indtægterne som fordelingsgrundlag, at reducere eller forøge boligbidragene fra medlemmerne til beløb, som kunne være opnået som leje for lejlighederne ved udleje til ikke-medlemmer. Dette er fastslået i SKM2001.297.LSR og gentaget i SKM2002.418.LSR. I SKM2002.421.LSR måtte omregningen af den af andelsboligforeningens medlemmer betalte boligafgift til lejeniveau ske på grundlag af den beregnede omkostningsbestemte leje for boliglejemål, da foreningen ikke i det pågældende indkomstår havde udlejet boliger til ikke-medlemmer.

Fordelingen kan dog også foretages på et andet grundlag, f.eks. på grundlag af lejlighedernes areal. En sådan arealmæssig fordeling kan dog ikke anvendes, hvis ejendommen omfatter flere udlejningskategorier, såsom beboelseslejligheder, erhvervslokaler eller garager.

I LSRM 1967, 94 LSR og LSRM 1967, 95 LSR, hvor foreninger blev anset for skattepligtige af annonceindtægter i medlemsbladet fra ikke-medlemmer, blev det fastslået, at det ikke var muligt at udskille visse af de med bladets fremstilling forbundne udgifter som særligt vedrørende disse annonceindtægter, og samtlige udgifter ved bladets drift kunne derfor fratrækkes ved opgørelsen af overskuddet fra bladet, men der kunne dog ikke derved fremkomme en skattepligtig indkomst lavere end 0 kr.

I TfS 1994, 432 LR blev en forenings udgifter til indkøb af teknisk udstyr for opfyldelse af dens vedtægtsmæssige formål om at stille teknisk udstyr til rådighed for medlemmerne til brug for deres faglige ajourføring ikke anset for fradragsberettiget af Ligningsrådet, da udgifterne ikke var knyttet til indkomsterhvervelsen. Se også afsnit S.C.6.1.9.