Hvis ejeren som led i en omdannelse, hvor ikke alle aktiver og passiver i virksomhedsordningen overføres til selskabet, ophører med at drive selvstændig erhvervsvirksomhed, anses de aktiver, der ikke overføres til selskabet, for at være overført fra virksomheden til privatøkonomien med virkning fra udløbet af året før omdannelsesåret, jf. VSL § 16 b.

VSL § 16 b omhandler de tilfælde, hvor ikke alle aktiver og passiver i virksomhedsordningen overføres til selskabet ved omdannelsen, og bestemmelsen skal ses i sammenhæng med VSL § 2, stk. 3, der fastslår, at en virksomhedsejer, der driver flere virksomheder, skal behandle samtlige virksomheder som én virksomhed ved anvendelsen af virksomhedsordningen. Som nævnt under afsnit E.H.2 kan hver enkelt af disse virksomheder selvstændigt omdannes. Bestemmelsen i VSL § 16 b indrømmer ikke ejeren en adgang til at overføre aktiver i virksomheden, som efter VOL § 2, stk. 1, nr. 2, skal overføres til selskabet, fra virksomheden til privatøkonomien.

Bestemmelsen i VSL § 16 b indebærer, at de aktiver, der ved virksomhedsophør i forbindelse med omdannelse, overføres fra virksomhedsordningen til ejeren, anses for overført forud for den skattefri omdannelse. Overførslen af aktiver fra virksomhedsordningen til privatøkonomien medfører, at et eventuelt opsparet overskud med tillæg af den dertil svarende virksomhedsskat beskattes som personlig indkomst i året forud for omdannelsesåret.

Hvis ejeren som led i en omdannelse netto indskyder gæld fra privatøkonomien i selskabet, anses et beløb, som svarer til den private gæld, for at være overført fra virksomhedsordningen til privatøkonomien med virkning fra udløbet af året før omdannelsesåret, jf. VSL § 16 c. Se hertil SKM2003.454.LSR, hvorefter en autoforhandler, der havde anvendt virksomhedsordningen, overdrog virksomheden til et nystiftet selskab efter reglerne om skattefri virksomhedsomdannelse. I overdragelsen indgik en blandet anvendt ejendom, og der blev i forbindelse hermed indskudt privat nettogæld i selskabet. Et hertil svarende beløb ansås for overført fra virksomhedsordningen til privatøkonomien, og beskatning skulle ske efter virksomhedsskattelovens regler.