Når den skattepligtige har valgt at anvende virksomhedsordningen for et indkomstår, skal reglerne anvendes for hele virksomheden. Det er således som hovedregel ikke muligt at holde en del af de erhvervsmæssige aktiver eller passiver uden for ordningen. Efter VSL § 1 gælder der dog særlige regler for anpartsvirksomhed, konkurs, aktier, andelsbeviser m.v. og blandet benyttede aktiver. Se nærmere herom i E.G.2.1.3, E.G.2.1.4, E.G.2.1.5 og E.G.2.1.6.