Beregningsreglen er alene en vejledning for skønnet over handelsværdien for goodwill og må derfor helt eller delvist fraviges, hvor særlige forhold gør sig gældende.
Beregningsreglen kan eksempelvis ikke anvendes, hvis virksomheden har eksisteret i mindre end tre år på overdragelsestidspunktet.
Endvidere må beregningsreglen generelt anses for mindre anvendelig i de tilfælde, hvor virksomhedens indtjening overvejende er baseret på indehaverens personlige kvalifikationer, da det beløb, der skal fragå til forrentning af virksomhedens aktiver, her vil være mindre end i de tilfælde, hvor virksomheden er baseret på et større kapitalapparat.   
Af andre særlige forhold kan nævnes væsentlige ændringer i principperne for opgørelse af den skattepligtig indkomst i 3-årsperioden, f.eks.. med hensyn til igangværende arbejder, varelager, afskrivninger eller overførsel til medarbejdende ægtefælle.   
Ovenstående er kun eksempler på særlige forhold, der medfører, at beregningsreglen er mindre anvendelig. Hvad særlige forhold omfatter må bedømmes ud fra det konkrete tilfælde.    
Uanset om betingelserne formelt er opfyldt, er beregningsreglen kun vejledende,  og det resultat der fremkommer ved en eventuel anvendelse af reglen, skal derfor underkastes en selvstændig vurdering af om, det afspejler handelsværdien. En nedsættelse eller en forhøjelse af den goodwillværdi, der beregnes ved hjælp af den vejledende beregningsregel, bør baseres på faktiske omstændigheder knyttet til den virksomhed, der overdrages og ikke bero på et ukonkretiseret skøn, således at der, f.eks. ved en nedsættelse, bliver tale om en form for umotiveret rabatgivning. Udgangspunktet for udøvelsen af skønnet og fastsættelsen er den handelsværdi, som trediemand vil forventes at betale for goodwill.