Ved delvis, skattefri virksomhedsomdannelse forstås en omdannelse, hvor ikke alle aktiver eller passiver i virksomhedsordningen overføres til selskabet.
 
►Udligning af negativ indskudskontoSom for fuldstændige virksomhedsomdannelser er det en forudsætning for anvendelse af reglerne om skattefri virksomhedsomdannelse i VOL ved delvise virksomhedsomdannelse, at en eventuel negativ indskudskonto udlignes inden omdannelsen, jf. VOL § 2, stk. 1, nr. 5, og VSL § 16 a, stk. 4. En sådan udligning sker efter regler svarende til reglerne for udligning af negativ indskudskonto ved fuldstændig, skattefri virksomhedsomdannelse. Se herom i E.G.2.15.2.2. Det bemærkes, at den negative saldo, der skal udlignes, er den negative saldo ved udløbet af indkomståret forud for omdannelsesåret. De nedenfor nævnte overførsler fra indskudskontoen til mellemregningskontoen af kontantværdien af vederlaget for den omdannede virksomhed sker med virkning for starten af omdannelsesåret. En negativ saldo, der opstår ved overførsel af vederlaget for virksomheden fra indskudskontoen, skal således ikke udlignes.
VSL § 16 a, stk. 4, og VOL § 2, stk. 1, nr. 5, har virkning for omdannelser, der finder sted den 1. juli 1999 eller senere, jf. § 5, stk. 2, i lov nr. 252 af 28. april 1999◄.
 
Vederlaget for den omdannede virksomhedVed delvis skattefri virksomhedsomdannelse, indgår vederlaget for den afståede virksomhed i virksomhedsordningen på samme måde som ved delvis afståelse, jf. VSL § 15, stk. 3, som er omtalt i E.G.2.15.1.4. Aktier kan ikke indgå i virksomhedsordningen, jf. VSL § 1, stk. 2, som er omtalt i E.G.2.1.5. Efter VSL § 16 a, stk. 1, anses de aktier, der erhverves ved en delvis skattefri omdannelse, derfor for overført fra virksomhedsordningen til privatøkonomien ved begyndelsen af omdannelsesåret.
Overførslen af aktierne sker efter VSL § 16 a, stk. 2, ved, at der med virkning fra begyndelsen af omdannelsesåret overføres et beløb fra indskudskontoen til mellemregningskontoen svarende til kontantværdien af det vederlag for virksomheden, der er nævnt i VOL § 2, stk. 1, nr. 3, uden at der først skal hæves beløb i hæverækkefølgen efter VSL § 5, stk. 1. Aktierne anses samtidig for overført fra mellemregningskontoen til privatøkonomien.
Vederlaget for virksomheden, jf. VOL § 2, stk. 1, nr. 3, fastsættes på grundlag af de herom gældende regler i selskabslovgivningen, herunder årsregnskabsloven. Den selskabsretlige opgørelse af vederlaget for virksomheden afviger fra opgørelsen af den skattemæssige værdi af virksomhedens aktiver og passiver, som ifølge VOL § 4, stk. 2, skal svare til aktiernes eller anparternes skattemæssige anskaffelsessum.
►Udskudt skat, som overtages af selskabet ved omdannelsen, og som efter VOL § 2, stk. 1, nr. 7, skal hensættes i den åbningsbalance, som udarbejdes i forbindelse med omdannelsen, nedbringer det selskabsretligt opgjorte vederlag for virksomheden og dermed det beløb der skal overføres fra indskudskontoen til mellemregningskontoen◄.
 
Nedsættelse af anskaffelsessummen for aktierne/anparterne eller beskatning af en del af det opsparede overskudEfter VSL § 16 a, stk. 3, kan aktiernes anskaffelsessum nedsættes med en forholdsmæssig del af indeståendet på konto for opsparet overskud ved udløbet af indkomståret forud for omdannelsesåret. ►Denne andel beregnes som forholdet mellem den del af kapitalafkastgrundlaget ved udløbet af indkomståret forud for omdannelsesåret, der kan henføres til den afståede virksomhed, og hele kapitalafkastgrundlaget ved udløbet af indkomståret forud for omdannelsesåret.
Hvis det samlede kapitalafkastgrundlag er positivt, opgøres den del af konto for opsparet overskud der kan nedsætte aktiernes/anparternes anskaffelsessum efter følgende formel: ◄
►Indestående på konto for opsparet overskud x ◄ ►kapitalafkastgrundlag i omdannet virksomhed◄
► ◄ ►samlet kapitalafkastgrundlag◄
► 
Overstiger kapitalafkastgrundlaget, der kan henføres til den omdannede virksomhed det samlede kapitalafkastgrundlag, overføres hele indeståendet på konto for opsparet overskud, jf. således princippet for opgørelsen af det beløb, der kan nedsætte aktiernes eller anparternes anskaffelsessum, i tilfælde, hvor brøken er større end 1, i TfS 1997, 743 (LSR), som er nærmere omtalt nedenfor.
Er det kapitalafkastgrundlag, der kan henføres til den omdannede virksomhed negativt og det samlede kapitalafkastgrundlag positivt, kan ingen del af det opsparede beløb anvendes til at nedsætte aktiernes eller anparternes anskaffelsessum. Den ovenfor anførte brøk er i dette tilfælde negativ, og da der ikke kan overføres et negativt beløb fra konto for opsparet overskud, forhøjes det negative beløb til 0
Brøken, hvorefter indeståendet på konto for opsparet overskud fordeles, afspejler fordelingen af aktiver og passiver mellem den virksomhed, der omdannes, og den eller de virksomheder, der bliver tilbage i virksomhedsordningen.
Er det samlede kapitalafkastgrundlag negativt, beregnes den del af det opsparede overskud, der kan nedsætte aktiernes eller anparternes anskaffelsessum efter følgende formel: ◄
►Indestående på konto for opsparet overskud x ◄ ►(samlet kapitalafkastgrundlag - kapitalafkastgrundlag i omdannet virksomhed)◄
► ◄ ►samlet kapitalafkastgrundlag◄
► 
Brøken er udtryk for, at i de tilfælde, hvor det samlede kapitalafkastgrundlag er negativt, udgør den del af kapitalafkastgrundlaget, der kan henføres til den omdannede virksomhed, jf. VSL § 16 a, stk. 3, den del af det negative samlede kapitalafkastgrundlag, der ikke kan henføres til den omdannede virksomhed.
Er det kapitalafkastgrundlag, der kan henføres til den omdannede virksomhed f.eks. - 100 og det samlede kapitalafkastgrundlag - 50, kan ingen del af det opsparede beløb anvendes til at nedsætte aktiernes eller anparternes anskaffelsessum. Den ovenfor anførte brøk er i dette tilfælde negativ, og da der ikke kan overføres et negativt beløb fra konto for opsparet overskud, forhøjes det negative beløb til 0.
Er omvendt det kapitalafkastgrundlag, der kan henføres til den omdannede virksomhed f.eks. - 50 og det samlede kapitalafkastgrundlag - 100, kan halvdelen af det opsparede beløb anvendes til at nedsætte aktiernes eller anparternes anskaffelsessum.
Er det kapitalafkastgrundlag, der kan henføres til den omdannede virksomhed, positiv og det samlede kapitalafkastgrundlag negativ, er dette udtryk for, at værdierne ikke bliver tilbage i virksomhedsordningen, men inddrages under omdannelsen, og at hele det opsparede overskud derfor kan nedsætte aktiernes eller anparternes anskaffelsessum. I dette tilfælde er den ovenfor anførte brøk større end 1, og det er dermed indeståendet på konto for opsparet overskud, der maksimerer det beløb, der kan nedsætte aktiernes eller anparternes anskaffelsessum.
Er der i forbindelse med omdannelsen sket udligning af en negativ indskudskonto efter VOL § 2, stk. 1, nr. 5, og VSL § 16 a, stk. 4, skal indskuddet medtages ved beregningen af, hvor stor en andel af det opsparede overskud, der kan nedsætte aktiernes eller anparternes anskaffelsessum. Dette skyldes, at beløbet til udligning af indskudskontoen anses for indskudt forud for omdannelsesåret og dermed indgår i det samlede kapitalafkastgrundlag ved udløbet af indkomståret forud for omdannelsesåret og i det kapitalafkastgrundlag, der kan henføres til den omdannede virksomhed, i det omfang beløbet kan henføres til denne virksomhed◄.
I stedet for at benytte sig af muligheden for at få nedsat aktiernes anskaffelsessum kan den skattepligtige vælge at medregne den forholdsmæssige del af indeståendet på konto for opsparet overskud med tillæg af den hertil svarende virksomhedsskat til den personlige indkomst i omdannelsesåret efter reglerne i VSL § 10, stk. 3, jf. E.G.2.12.5. Dette følger af VSL § 16 a, stk. 3, sidste pkt.
►Reglen i VSL § 16 a, stk. 3, for beregning af den forholdsmæssige del af konto for opsparet overskud, der enten skal nedsætte aktiernes/anparternes anskaffelsessum eller medregnes ved indkomstopgørelsen for omdannelsesåret er ændret med virkning for omdannelser, der finder sted den 1. januar 1999 eller senere, eller hvor omdannelsesdatoen er den 1. januar 1999 eller senere. Efter den hidtil gældende regel, blev andelen beregnet som forholdet mellem det overførte beløb (kontantværdien af vederlaget for den omdannede virksomhed) og hele kapitalafkastgrundlaget ved udløbet af indkomståret forud for omdannelsesåret.
 
Eksempel
 
Delvis skattefri virksomhedsomdannelse.
 
Den skattepligtige har to virksomheder, virksomhed 1 og virksomhed 2. Virksomhed 1 omdannes til aktieselskab pr. 1. januar 1999.
 
Primooplysninger: ◄
►Indskudskonto, 31. december 1998◄ ►1.400.000 kr.◄
►Kapitalafkastgrundlag, 31. december 1998◄ ►3.200.000 kr.◄
►  Heraf vedrørende virksomhed 1◄ ►1.000.000 kr.◄
►Opsparet overskud (opsparet i 1992-1998)◄ ►800.000 kr.◄
► 
Kontantværdien af vederlaget overføres fra indskudskontoen til mellemregningskontoen. Opgørelsen af det overførte beløb foretages således: ◄
►Driftsmidler (skattemæssig værdi 3.000.000 kr.)◄ ►4.800.000 kr.◄
►Gæld◄ ►2.000.000 kr.◄
►Udskudt skat (4.800.000 kr. - 3.000.000 kr.) x 0,32◄ ►576.000 kr.◄
►I alt vederlag (= overført beløb)◄ ►2.224.000 kr.◄
► 
Aktiernes anskaffelsessum nedsættes med en forholdsmæssig del af indestående på konto for opsparet overskud. Aktiernes anskaffelsessum opgøres således: ◄
►Driftsmidler 1)◄ ►3.180.000 kr.◄
►- Gæld◄ ►2.000.000 kr.◄
►- Andel af opsparet overskud 2)◄ ►250.000 kr.◄
►Anskaffelsessum for aktierne◄ ►930.000 kr.◄
► 
1) Handelsværdi fratrukket udskudt skat. Den udskudte skat opgøres som 90 pct. af forskellen mellem handelsværdien og den skattemæssige værdi. Beregningen er dermed foretaget således: 4.800.000 - ((4.800.000 - 3.000.000) x 0,9) = 3.180.000.
2) Andelen af konto for opsparet overskud, der skal fragå i aktiernes anskaffelsessum ved overførsel af aktiekapitalen til mellemregningskontoen opgøres således: Konto for opsparet overskud x kapitalafkastgrundlaget vedrørende den omdannede virksomhed / kapitalafkastgrundlag = 800.000 x 1.000.000 / 3.200.000 = 250.000.
 
Primoværdier for virksomhed 2 efter omdannelsen: ◄
►Kapitalafkastgrundlag, 31. december 1998◄ ►3.200.000 kr.◄
►- Overført til mellemregningskontoen◄ ► -2.224.000 kr.◄
►= Kapitalafkastgrundlag, 1. januar 1999, der indgår ved beregning af kapitalafkast◄ ►976.000 kr.◄
►Indskudskonto, 31. december 1998◄ ►1.400.000 kr.◄
►- Overført til mellemregningskontoen◄ ►- 2.224.000 kr.◄
►= Indskudskonto, 1. januar 1999◄ ►- 824.000 kr.◄
►Konto for opsparet overskud, 31. december 1998◄ ►800.000 kr.◄
►- Aktiernes anskaffelsessum nedsat med◄ ►- 250.000 kr.◄
►= Konto for opsparet overskud, 1. januar 1999◄ ►550.000 kr.◄
 
TfS 1997, 743 (LSR) vedrører en virksomhedsejer, som pr. 1. januar 1993 foretog en skattefri virksomhedsomdannelse, hvor ikke alle aktiver og passiver blev overført til selskabet, idet den ejendom, hvorfra virksomheden blev drevet, forblev i personligt regi. Den skattepligtige havde anvendt virksomhedsordningen i 1992, men anvendte ikke virksomhedsordningen på ejendommen i 1993. Det kontante vederlag for virksomheden udgjorde ca. 2 mill. kr., kapitalafkastgrundlaget ultimo 1992 var negativt, og det opsparede overskud udgjorde ultimo 1992 ca. 725.000 kr.
  Landsskatteretten udtalte, at den omstændighed, at virksomhedsordningen ikke var anvendt på ejendommen i 1993, ikke kunne medføre, at også den del af virksomheden, der blev omdannet pr. 1. januar 1993 måtte anses for udtrådt af virksomhedsordningen. Reglerne om delvis virksomhedsomdannelse kunne således anvendes. Retten fandt hernæst, at hele det opsparede overskud kunne overføres til reduktion af aktiernes anskaffelsessum efter den dagældende VSL § 16 a, stk. 3, da kapitalafkastet ultimo 1992 var mindre end eller lig med det kontante vederlag for virksomheden. Da der efter virksomhedsomdannelsen dermed ikke resterede noget indestående på konto for opsparet overskud, var der intet opsparet overskud at beskatte efter VSL § 15 b, stk. 1.