Hvis ligningen medfører, at den skattepligtige indkomst eller virksomhedens overskud ændres, vil der på grundlag af den ændrede skattepligtige indkomst eller fordeling af overskud ske en ændring af skatteberegningen.
Efter VSL § 10 kan den skattepligtige kun overføre overskud fra virksomheden indtil udløbet af fristen for indgivelse af selvangivelse. Endvidere kan indskud ikke finde sted efter indkomstårets udløb. Dog sker overførsel af finansielle aktiver og passiver med virkning for indkomstårets ultimobalance, selv om denne udarbejdes efter indkomstårets udgang.
Hvis virksomhedens overskud forøges som følge af ligningsmæssige ændringer, er der imidlertid efterfølgende mulighed for at afsætte beløb til overførsel. Hvis den skattepligtige ikke anviser, hvorledes ændringen skal effektueres, vil yderligere overskud blive anset for opsparet. Yderligere kapitalafkast, der skal tvangshæves, vil blive anset for indskudt.
Adgangen til at afsætte yderligere beløb til overførsel gælder ikke ved ansættelsesændringer som følge af fejl ved den selvangivne overskudsdisponering, men kun ved ændringer af virksomhedens overskud, jf. TfS 1998, 720 (LSR).
►Adgangen til at afsætte yderligere beløb til overførsel i forbindelse med ligningsmæssige forhøjelser af virksomhedens overskud er ophævet med virkning for afsætning af yderligere beløb til overførsel for indkomståret 2000 og senere indkomstår. Det forhold, at der i forbindelse med ligningsmæssige forhøjelser af virksomhedens overskud ikke kan afsættes yderligere beløb til overførsel, betyder ikke nødvendigvis, at det yderligere overskud må anses for opsparet. Dette må afgøres konkret efter virksomhedsskattelovens regler i øvrigt. Der henvises til TfS 1999, 932 (tss).
Endvidere henvises til TfS 1999, 219 (LSR), hvor skattemyndighederne havde ansat en værdi af fri bil, for så vidt angår en varevogn, som indgik i virksomhedsordningen, idet bilen blev anset for privat anvendt. Den skattepligtiges revisor anmodede ved brev af 6. august 1998 herefter om efterfølgende at udtage bilen af virksomhedsordningen pr. 1. januar 1995.
Landsskatteretten fandt ikke grundlag for at pålægge skattemyndighederne at genoptage indkomstansættelserne, idet den skattepligtige ikke efterfølgende kunne udtage bilen af virksomhedsordningen, allerede fordi der alene kunne ske overførsel inden udløbet af fristen for indgivelse af selvangivelsen for det omhandlede indkomstår.
◄Virksomhedsordningen ændrer ikke på gældende regler og praksis om efterfølgende af- og nedskrivninger som angivet i ►AL § 52, HUSDY § 5, VL § 7 og TSS-cirk. 1999-3.◄ Også ændringer i selvangiven indkomst uden for virksomheden vil således kunne medføre, at virksomhedens overskud ændres, dersom der meddeles tilladelse til efterfølgende af- og nedskrivning.