Hvis der hæves beløb på en etableringskonto, og det viser sig, at der ikke kan forlods afskrives, skal der ske efterbeskatning af de hævede indskud på samme måde, som hvis etablering opgives, jf. ETBL § 11 A, stk. 1.   
Årsagen til, at der ikke kan foretages en forlods afskrivning, kan f.eks være, at den skattepligtige ikke opfylder arbejdskravet.   
Der skal også efterbeskattes, hvis kun en del af det hævede indskud kan forlods afskrives. Det kan f.eks. forekomme, hvis afskrivningsgrundlaget nedsættes ved ligningen. I så fald skal kun den del af indskuddet, der ikke kan forlods afskrives, efterbeskattes, jf. pkt. 48 i skd cirkulære 167 af 30. oktober 1984.
TfS 1998, 257 VLD. Hævede etableringskontomidler anvendt til opførelse af bygning, der hovedsageligt var anvendt som hestestald, blev efterbeskattet efter lovens § 11 A, stk. 1, da landbrug med svine- og hestehold ikke kunne anses for erhvervsmæssigt drevet.  
Hvis forlods afskrivning derimod er udelukket, fordi virksomheden er ophørt i løbet af indkomståret, finder lovens § 11 A ikke anvendelse, idet situationen er omfattet af den sædvanlige ophørsregel i lovens § 11, stk. 3, se E.D.2.9.   
Efterbeskatning sker ved, at indskuddene med et tillæg på 5 pct. for hvert år fra udløbet af de indkomstår, hvori indskuddene er fradraget, og indtil udløbet af det indkomstår, hvori de indskudte beløb er hævet, medregnes i den skattepligtige indkomst i det indkomstår, hvori de indskudte beløb er hævet.
Efterbeskatningen sker med satsen for almindelig indkomstskat efter PSL § 6 og med satserne for de kommunale og amtskommunale indkomstskatter og kirkelige afgifter, jf. ETBL § 11 A, stk. 1.   
I de tilfælde, hvor der ved efterbeskatning bliver tale om restskat skal der endvidere betales restskattetillæg efter KSL § 61. Reglerne om nedsættelse eller bortfald af overskydende skat i KSL § 62 A, stk. 2, finder ligeledes anvendelse. Hvis det opgjorte skatteefterkrav ikke betales rettidigt, skal der betales morarenter efter de sædvanlige regler.   
Den foran omtalte efterbeskatning kan undgås, hvis den skattepligtige vælger i stedet at overføre beløbet til forlods afskrivning på andre aktiver, der berettiger til forlods afskrivning efter etableringskontoloven, jf. § 11 A, stk. 2. Det er en forudsætning, at forlods afskrivning foretages senest i det indkomstår, der følger efter det indkomstår, hvori midlerne er hævet. Etablering skal dog senest være sket inden 10 år efter udløbet af det indkomstår, hvori indskuddet er fradraget. Hvis en skattepligtig således får afvist en forlods afskrivning ved ligningen for indkomståret 2000, kan han vælge at overføre det ikke anvendte etableringskontoindskud til forlods afskrivning på andre aktiver senest for indkomståret 2001.    
Hvis en skattepligtig, der har valgt at overføre forlods afskrivninger til andre aktiver, som opfylder betingelserne efter etableringskontoloven, ikke anskaffer sådanne aktiver, skal der efter lovens § 11 A, stk. 3, ske efterbeskatning. I så fald skal tillæg beregnes til udløbet af det indkomstår, der følger efter det år, hvori beløbet er hævet.   
Anskaffer kontohaveren aktiver, der berettiger til forlods afskrivning efter etableringskontoloven, skal det ikke-anvendte indskud benyttes til forlods afskrivning på disse aktiver indtil hele indskuddet er anvendt, jf. § 11 A, stk. 2, sidste pkt. Se skd. cirkulære nr. 167 af 30. oktober 1984, pkt. 49.