Koncerner, der er omfattet af minimumsbeskatningsloven, kan vælge at anvende reglen i MBL § 30 om såkaldt substansbaseret indkomstudelukkelse.

En opgjort kvalificeret nettoindkomst til brug for beregning af ekstraskatten kan efter reglen om substansbaseret indkomstudelukkelse nedsættes med et beløb bestående af summen af en procentsats af de berettigede lønomkostninger og en procentsats af den bogførte værdi af berettigede materielle aktiver. De berettigede lønomkostninger er lønomkostninger for ansatte, der udøver aktiviteter for koncernen i den pågældende jurisdiktion, jf. MBL § 30, stk. 2. De berettigede materielle aktiver er aktiver, der er befinder sig i jurisdiktionen, jf. MBL § 30, stk. 3. Til materielle aktiver henregnes som udgangspunkt ikke aktiver, der besiddes med henblik på salg, leje eller investering.

Procentsatsen efter MBL § 30, stk. 2 og 3, sænkes gradvist hen over perioden fra 2023 til 2033. I 2024 er procentsatsen for lønomkostninger på 9,8 pct. og for materielle aktiver på 7,8 pct. Fra 2033 udgør satsen 5 pct. for begge kategorier.

Ved opgørelsen af den substansbaserede indkomstudelukkelse bortses fra aktiver og lønomkostninger, der relaterer sig til indkomst, der er undtaget eller indgår i en undtagen koncernenhed. Det betyder eksempelvis, at materielle aktiver og lønomkostninger, der relaterer sig til indkomst fra international skibsfart som ikke er medregnet efter MBL § 14, ikke indgår i opgørelsen.