I MBL §§ 28 - 29 er der regler om beregning af den effektive skattesats og beregning af en eventuel ekstraskat.

Når den kvalificerede indkomst og de omfattede skatter er opgjort, skal der foretages en udregning af den effektive skattesats i jurisdiktionen.

Den effektive skattesats beregnes som de opgjorte regulerede omfattede skatter for koncernenhederne i jurisdiktionen, delt med den opgjorte kvalificerede nettoindkomst for koncernenhederne i jurisdiktionen. Er en eller flere koncernenheders kvalificerede indkomst negativ, vil den negative indkomst inden beregningen af skattesatsen skulle modregnes i en eventuel positiv kvalificeret indkomst i en anden koncernenhed i samme jurisdiktion. Se herom MBL § 28.

Hvis den effektive skattesats for enhederne i en jurisdiktion er under minimumsskattesatsen for et regnskabsår, beregner koncernen ekstraskatten for hver af sine koncernenheder, som har kvalificeret indkomst, der er medtaget i beregningen af kvalificeret nettoindkomst for den nævnte jurisdiktion. Se herom MBL § 29.

Ekstraskatten beregnes på jurisdiktionsniveau. Har et moderselskab, der er hjemmehørende i Danmark, flere datterselskaber i en lavskattejurisdiktion, så skal ekstraskatten allokeres forholdsmæssigt til hver af de koncernenheder i jurisdiktionen, der har en positiv kvalificeret indkomst.

Ekstraskatten på jurisdiktionsniveau for et regnskabsår er et eventuelt positivt beløb, beregnet som procenten for ekstraskatten multipliceret med det overskydende overskud, som er nærmere defineret i lovens § 29, stk. 2, tillagt en eventuel yderligere ekstraskat og fratrukket en eventuel indenlandsk ekstraskat. Ved en indenlandsk ekstraskat skal forstås en ekstraskat, som er pålagt efter en kvalificeret regel om indenlandsk ekstraskat.

Den yderligere ekstraskat er en regnskabsteknisk ekstraskat, som kan opstå som følge af omberegninger i den effektive skattesats for tidligere regnskabsår, jf. MBL § 31. Den overskydende fortjeneste for jurisdiktionen for regnskabsåret er et eventuelt positivt beløb beregnet som den kvalificerede nettoindkomst fratrukket den substansbaserede indkomstudelukkelse, jf. MBL § 30.