For indkomstår fra 1990 til 1996 er anmodninger om genoptagelse indgivet mere end 3 år efter udløbet af det pågældende indkomstår reguleret af den ophævede, men fortsat gældende, bestemmelse i § 4, stk. 2, jf. stk. 3 i den tidligere skattestyrelseslov.
Undtaget herfra er dog anmodninger om genoptagelse med henvisning til en underkendende landsskatteretskendelse eller dom, der er afsagt fra og med den 1. juli 1999. I sådanne tilfælde finder reglen i SSL § 35, stk. 1, nr. 7 anvendelse, jf. nærmere afsnit G.3.2.1.
Kompetence Efter den tidligere SSL § 4, stk. 2 har den kommunale ligningsmyndighed ikke kompetence til at tillade genoptagelse af egne tidligere ansættelser, hvis anmodning herom indgives senere end 3 år efter udløbet af det pågældende indkomstår. Denne kompetence er tillagt skatteministeren, der er bemyndiget til at tillade genoptagelse efter udløbet af 3-årsfristen i den tidligere SSL § 4, stk. 1, når forholdene i særlig grad taler derfor (ekstraordinær genoptagelse).
Ifølge sagsudlægningsbekendtgørelsen er det told- og skatteregionerne (for København og Frederiksberg kommuner den pågældende skatteforvaltning), der skal træffe afgørelse om ekstraordinær genoptagelse som 1. instans, med klageadgang til Told- og Skattestyrelsen, jf. afsnit H.1.1.1.
Er der derimod tale om ansættelser, der tidligere har været behandlet og afgjort af skatteankenævnet eller Landsskatteretten, skal anmodning om genoptagelse indgives til skatteankenævnet eller Landsskatteretten, jf. SSL §§ 22 og 29, jf. afsnit A.1.4 og A.2.4.  
Tilsvarende skal en anmodning om genoptagelse af en ansættelse foretaget af en told- og skatteregion, Told- og Skattestyrelsen eller Ligningsrådet indgives til den myndighed, der har foretaget ansættelsen, idet sådanne anmodninger ikke er omfattet af den tidligere SSL § 4, stk. 2.
Klage over regionens afgørelse om afslag på genoptagelse af regionens tidligere ansættelse skal indgives til Landsskatteretten inden for 3-års fristen, hvorimod det er Told- og Skattestyrelsen, der har kompetencen efter udløbet af 3-års fristen. Der henvises i øvrigt til afsnit H.1.1.1.
Betingelserne for ekstraordinær genoptagelse En anmodning om ekstraordinær genoptagelse i henhold til den tidligere SSL § 4, stk. 2 skal fremsættes skriftligt og indeholde oplysninger, som for det første kan begrunde en ændret skatteansættelse, og som for det andet skal angive sådanne særlige forhold, at en ekstraordinær genoptagelse er berettiget.
Anmodningen skal være fremsat uden ugrundet ophold (vejledende 3 måneder), efter at den skattepligtige er blevet opmærksom på de nye oplysninger, der berettiger til en ekstraordinær genoptagelse. Det forhold, som begrunder ekstraordinær genoptagelse, skal være klart dokumenteret af den skattepligtige.  
Når en anmodning om ekstraordinær genoptagelse imødekommes, gælder tilladelsen ikke hele ansættelsen, men kun det eller de punkter, der er givet tilladelse for.
Ekstraordinær genoptagelse forudsætter, at ansættelsesændringen er af en vis størrelse (vejledende minimum 3.000 kr. pr. år).
Der er formelt ingen grænser for hvor gamle indkomstår, der kan genoptages. Den tidligere SSL § 4, stk. 2 omfatter dog ikke indkomstår før 1990.  
Ekstraordinær genoptagelse kan ikke foretages, hvis den skattepligtiges krav på tilbagesøgning af den for meget betalte skat er forældet, jf. TfS 2000, 744 HD. Højesteret lagde til grund, at den skattepligtiges eventuelle tilbagebetalingskrav var forældede efter forældelsesloven af 1908, idet den skattepligtige ikke havde været i utilregnelig uvidenhed om deres krav. Se nærmere afsnit N.3.
En anmodning om ekstraordinær genoptagelse, der er imødekommet, kan ikke tilbagekaldes.   
Efterfølgende ændringer i oprindelig erhvervelse eller forpligtelse De særlige forhold, der kan begrunde ekstraordinær genoptagelse, kan eksempelvis være tilfælde, hvor en skattepligtig er blevet beskattet af en indtægt, der efterfølgende er reguleret således, at den skattepligtige indkomst bliver mindre end forudsat ved skatteansættelsen. Dette kan fx være tilfældet ved tilbagebetaling af dagpenge eller lignende, der tidligere er blevet beskattet, eller i tilfælde, hvor en sælger af et tømt selskab, der tidligere er blevet avance- eller udlodningsbeskattet, efterfølgende bliver erstatningspligtig for den tabte skat, jf. fx TSS-cirkulære 1997-19. Tilsvarende gælder tilfælde, hvor en udgift er fratrukket ved skatteansættelsen, og det efterfølgende viser sig, at udgiften er større end først antaget.
Reglen omfatter endvidere genoptagelse som følge af, at et vilkår om et skatteforbehold i en privatretlig aftale, der ligger til grund for en skatteansættelse, bliver aktuelt, fx efter afslutningen af en administrativ klagesag, hvor skatteyderen ikke har fået medhold. Også en tilladelse til omgørelse af en privatretlig disposition, der ligger til grund for en skatteansættelse, vil kunne begrunde genoptagelse. Der henvises i øvrigt til afsnit O.2.
Svig fra tredjemand Hvis den urigtige ansættelse skyldes svig fra tredjemand, er dette også et forhold, der kan begrunde ekstraordinær genoptagelse.
Glemte fradrag og skønsmæssige ansættelser Et glemt eller uudnyttet fradrag udgør ikke et forhold, der i særlig grad taler for ekstraordinær genoptagelse. Heller ikke tilfælde, hvor skatteansættelsen er foretaget skønsmæssigt på grund af manglende selvangivelse, og selvangivelsen så indgives mere end 3 år efter indkomstårets udløb, begrunder i sig selv ekstraordinær genoptagelse.
Såfremt den skattepligtige ikke kan dokumentere, at den skønsmæssige skatteansættelse kan tilsidesættes som åbenbart urimelig eller er fastsat på et klart urigtigt grundlag, er der ikke grundlag for ekstraordinær genoptagelse, jf. TfS 2000, 902 ØLD og TfS 2000, 388 ØLD. I den sidstnævnte dom lagde landsretten endvidere til grund, at det ikke i sig selv talte for genoptagelse, at den skattepligtiges tidligere revisor havde tilbageholdt regnskabsmaterialet på grund af den skattepligtiges manglende betaling af revisionshonoraret, og den skattepligtige derfor havde været afskåret fra at indsende selvangivelse.  
Andre forhold Den skattepligtiges sociale, personlige eller økonomiske forhold vil kun helt undtagelsesvis kunne begrunde ekstraordinær genoptagelse.  
Ansvarspådragende myndighedsfejl Et særligt forhold er ansvarspådragende fejl hos ligningsmyndigheden, fx hvor der er tale om en åbenbart urimelig skønsmæssig ansættelse eller andre konkrete ansvarspådragende fejl, der har ført til en materielt forkert ansættelse. 
Vedrørende ansvar for urigtig retsanvendelse blev det i dommen TfS 1999, 557 VLD fastslået, at ligningsmyndigheden havde handlet ansvarspådragende ved i strid med indholdet af Ligningsvejledningen kun at have lagt vægt på navnet på registreringsattesten ved vurderingen af, hvem der var rette ejer af en bil. I modsætning hertil fik Skatteministeriet medhold i, at hidtidig praksis om beskatning af rejsegodtgørelse til medarbejdere beskæftiget ved Storebælts-projektet ikke var ansvarspådragende, jf. TfS 1999, 921 ØLD.
Vedrørende øvrig culpøs adfærd hos myndighederne vil dette eksempelvis kunne forekomme, hvis en kommunal skattemyndighed med urette har givet forhåndstilsagn om senere genoptagelse, hvis skattemyndighederne skulle tabe en tilsvarende verserende sag og dette giver anledning til udsendelse af et særligt genoptagelsescirkulære.
Tilsagnet vil være givet med urette, hvis det er givet inden 3-års fristens udløb, og omfatter indkomstår, der ligger mere end 3 år forud fra den første afgørelse, der underkender hidtidig ligningspraksis, men der vil i denne situation blive givet tilladelse til ekstraordinær genoptagelse. Tilsagn givet efter 3-års fristens udløb, kan derimod ikke give den skattepligtige en forventning om genoptagelse, fordi anmodning om genoptagelsestilsagnet under alle omstændigheder er indgivet for sent. Et skatteankenævn eller Landsskatteretten kan gyldigt give et genoptagelsestilsagn vedrørende egne afgørelser i de såkaldte massesager, jf. nærmere afsnit A.1.4 og A.2.4.
Særligt om myndighedsfejl af formel art Er der tale om formelle fejl i forbindelse med foretagelse af en ansættelse, vil dette som udgangspunkt ikke være en særlig omstændighed, der kan begrunde ekstraordinær genoptagelse, jf. fx TfS 2000, 873 ØLD. Klage over sådanne formelle fejl skal ske i sædvanlig instansfølge, dvs. til skatteankenævnet og eventuelt videre til Landsskatteretten. Visse formelle fejl medfører dog absolut ugyldighed. Der vil være tale om absolut ugyldighed, hvis den formelle mangel har en sådan karakter, at den uden nogen form for væsentlighedsvurdering helt åbenbart vil medføre ugyldighed. En fejl, der medfører absolut ugyldighed, kan fx være overskridelse af fristen i den tidligere SSL § 35, stk. 1 i tilfælde, hvor der ikke er tale om suspension. Derimod er fx manglende udsendelse af agterskrivelse ikke nødvendigvis en formel fejl, der uden videre medfører absolut ugyldighed.
Særligt om underkendelse af hidtidig praksis Den omstændighed, at ligningsmyndigheden har fulgt en praksis ved ligningen, som senere bliver underkendt ved Landsskatteretten eller domstolene, kan heller ikke i sig selv betragtes som en myndighedsfejl. Denne situation er nu særskilt reguleret i SSL § 35, stk. 1, nr. 7, for så vidt angår underkendende afgørelser truffet fra og med den 1. juli 1999, jf. den nærmere omtale i afsnit G.3.2.1. Det fremgår heraf, at bestemmelsen også omfatter indkomstår før 1997, dog betinget af, at der gennemføres eventuelle afledte ændringer for den skattepligtige eller dennes ægtefælle for samme eller andre indkomstår.
I det omfang den skattepligtige i en anmodning om genoptagelse i henhold til den tidligere SSL § 4, stk. 2 påberåber sig en underkendende afgørelse truffet efter den 1. juli 1999, skal sagen behandles af den sædvanlige skatteansættende myndighed, jf. SSL § 35, stk. 4.
Hvis den underkendende afgørelse er truffet inden den 1. juli 1999, gælder den tidligere bestemmelse i SSL § 4, stk. 2, der giver hjemmel for den hidtidige praksis gengivet i TSS-cirkulære 1993-9 om genoptagelse af skatteansættelser i anledning af, at domstolene eller Landsskatteretten har underkendt ligningsmyndighedernes praksis, og der herefter er udsendt et særligt genoptagelsescirkulære. I et sådant særligt genoptagelsescirkulære gives der på udtømmende måde tilladelse til genoptagelse af de seneste 3 indkomstår, der ligger forud for den afgørelse, der først har underkendt hidtidig praksis. Hvis anmodningen om genoptagelse i sådanne tilfælde omfatter indkomstår, der ligger mere end 3 år forud for den første underkendende afgørelse, vil tilladelse til genoptagelse afhænge af, om der i øvrigt er tale om særlige omstændigheder, eksempelvis myndighedsansvar for urigtig retsanvendelse efter almindelige culpabetragtninger eller culpøs adfærd hos myndighederne i øvrigt.  
Konsekvensændringer Ved ordinær og ekstraordinær genoptagelse vedrørende indkomstårene fra og med 1990 til 1996 kan skattemyndighederne foretage ændringer af skatteansættelser for andre indkomstår, når ændringerne er en direkte følge af den begærede genoptagelse og anmodningen er imødekommet, jf. den tidligere bestemmelse i SSL § 4, stk. 3.
Disse ændringer er ikke begrænset af forhøjelsesfristerne i den tidligere bestemmelse i SSL § 35. Hvis fx en nedsættelse i det ene år medfører en forhøjelse i et andet år, kan skattemyndigheden forhøje for dette år uden at være begrænset af fristen i den tidligere SSL § 35.  
Dette gælder også konsekvensændringer inden for samme indkomstår, idet disse ændringer må anses for indeholdt i genoptagelsesanmodningen, jf. TfS 1998, 315 VLD. Der vil ikke nødvendigvis være tale om suspension af 1908-lovens 5-års frist i forbindelse med sådanne konsekvensforhøjelser. Det vil afhænge af en konkret vurdering af skattemyndighedernes subjektive kendskab til de omstændigheder, der begrunder konsekvensforhøjelsen. Se afsnit N om forældelse.