De aktiver, der indgår i tonnageskatteordningen, skal i afskrivningsmæssig forstand udskilles fra de af selskabets aktiver, der indgår i anden virksomhed, og som fortsat kan afskrives efter de almindelige regler.
 Dette hænger sammen med, at der ikke foretages fradrag for afskrivninger på aktiver under tonnageskatteordningen.
 I Landsskatterettens kendelse SKM2009.734.LSR, kunne der ikke foretages fradrag for afskrivning på overfartsrettigheder, idet fradragsbegrænsningen i TSL § 15, stk. 3, tillige omfatter afskrivninger på aktiver, der er omfattet af tonnageskatteloven, og som derfor ikke er begrænset af andre bestemmelser i tonnageskatteloven.
 Der skal dog kun ske beskatning af eventuelle avancer og genvundne afskrivninger, hvis rederivirksomheden reduceres i forhold til niveauet på det tidspunkt, hvor rederiet blev omfattet af tonnageskatteordningen.
 Oversigt over domme, kendelser, afgørelser, SKM-meddelelser mv.
 Skemaet viser relevante afgørelser på området:
    | Afgørelse | Afgørelsen i stikord | Yderligere kommentarer | 
  | Landsskatteretskendelser | 
  | SKM2009.734.LSR | På grund af fradragsbegrænsningen i TSL § 15, stk. 3, kunne der ikke afskrives på overfartsrettigheder. |  |