I VSL § 3, stk. 4, er der fastsat regler om værdiansættelsen af de aktiver og passiver, der indgår i opgørelsen af indeståendet på indskudskontoen. Værdiansættelsen sker som udgangspunkt på grundlag af værdien ved udgangen af indkomståret forud for det indkomstår, hvori virksomhedsordningen første gang anvendes. Den efterfølgende oversigt viser værdiansættelsen af forskellige aktiver og passiver ved opgørelsen af indskudskontoen.
 
Oversigt over værdiansættelsen af aktiver og passiver ved opgørelsen af indskudskontoen
Aktiver: Værdiansættelse:
 
 
Fast ejendom Kontant anskaffelsessum, eller den fastsatte ejendomsværdi ved indkomstårets begyndelse med fradrag af byrder, der ikke er taget hensyn til ved vurderingen, med tillæg af eventuel ikke medregnet anskaffelsessum for ombygning, forbedringer m.v.
 
 
Afskrivningsberettiget saldoværdi.  
 
Blandet benyttede biler Afskrivningsberettiget saldoværdi.
 
 
Driftsmidler,der hidtil er anvendt privat Handelsværdi.
 
 
Varelagre Værdien ►opgjort efter varelagerlovens § 1, stk. 1-3.
◄ 
 
Besætninger Normalhandelsværdi eller handelsværdi, dog ikke mindre end normalhandelsværdien, efter evt. nedskrivning.
 
 
Goodwill Den kontantomregnede anskaffelsessum reduceret med afskrivninger. For så vidt angår goodwill anskaffet forud for 1. januar 1998 henvises til Ligningsvejledningen 1998, E.G.2.4.4.
 
 
Løbende ydelser som led i gensidigt bebyrdende aftale Den kapitaliserede værdi af ydelserne.

 
Øvrige aktiver Anskaffelsessum med fradrag af skattemæssige afskrivninger. I det omfang anskaffelsessummen omregnes til kontantværdi, anvendes denne.
 
 
Finansielle aktiver,der ikke omfattes af VSL § 1, stk. 2 Som udgangspunkt kursværdien.

 
Særlig konto til investeringsfond Indestående på kontoen.
 
Passiver:
 
Værdiansættelse:
 
 
Gæld Kursværdien.
 
 
Løbende ydelser som led i gensidigt bebyrdende aftale Den kapitaliserede værdi af ydelserne.
 
Såfremt der optræder mellemregninger med en medinteressent ved opgørelsen af indskudskontoen, er det de regnskabsmæssige værdier, der skal anvendes ved opgørelsen af mellemregningskontoen, idet det er det regnskabsmæssigt opgjorte beløb, der repræsenterer mellemregningsposten mellem interessenterne.
Med hensyn til værdiansættelse til den kontante anskaffelsessum henvises til ►TSS-cirk. 1998-32, hvori Ligningsrådet har fastsat vejledende retningslinier for kontantværdiansættelse efter AL og EBL◄.
 
Værnsregel mod ind- og udtræden af virksomhedsordningen med fast ejendomVirksomhedsordningen er frivillig, og den skattepligtige kan skifte mellem beskatning efter virksomhedsordningen, kapitalafkastordningen og PSL's regler.
I VSL § 3, stk. 7, er der fastsat en regel, som skal forhindre den skattepligtige i at opnå skattemæssige fordele ved at træde ind og ud af virksomhedsordningen med en fast ejendom. Herefter skal en skattepligtig, som tidligere har anvendt virksomhedsordningen, og som inden for de nærmest efterfølgende 5 indkomstår på ny anvender virksomhedsordningen, ved opgørelse af indskudskontoen medregne en fast ejendom til samme værdi som dengang ordningen sidst blev anvendt. Reglen bevirker, at den skattepligtige, som træder ud af ordningen og derefter inden for 5-årsperioden går ind i ordningen på ny, ikke kan få indskudskontoen forøget med en kapitalgevinst på en fast ejendom.
Reglen i VSL § 3, stk. 7, gælder dog kun, hvis det er den samme ejendom, som den skattepligtige går ud og ind af ordningen med.
Hvis ejendommen er erhvervet, mens den skattepligtige anvendte virksomhedsordningen, indgår ejendommen til den kontante anskaffelsessum, hvis ordningen anvendes på ny inden for ovennævnte 5-årsfrist.
 
HjemfaldspligtIndskydes en ejendom, på hvilken der hviler hjemfaldspligt, vil der allerede være taget højde for denne forpligtelse, såvel ved anvendelsen af den kontante anskaffelsessum, som ved anvendelsen af ejendomsværdien »med fradrag af byrder, der ikke er taget hensyn til ved vurderingen«.
 
Ikke fuldført byggeriHvis værdien af påbegyndte investeringer i nybygninger ikke er medtaget ved ejendomsvurderingen, kan værdien af de på opgørelsestidspunktet afholdte udgifter til investeringer i bygninger medtages ved opgørelsen af indskudskontoen. Eventuelle statstilskud til bygningsinvesteringer skal ikke modregnes i byggeudgiften.
 
Foder- og jordbeholdninger i landbrugetEfter vurderingslovens regler indgår i den faste ejendoms ejendomsværdi ud over selve bygningerne og jordtilliggendet også den faste ejendoms tilbehør, herunder beholdninger af afgrøde. Dette betyder, at f.eks. foder- og jordbeholdninger indgår i ejendomsværdien. Derfor skal disse beholdninger ikke indgå med selvstændige værdier ved opgørelsen af indskudskontoen.