Efter VSL § 1, stk. 1, 2. pkt., kan virksomhedsordningen ikke anvendes på indkomst, der er kapitalindkomst efter anpartsreglerne i PSL § 4, stk. 1, nr. 10, 12 eller 13. Det vil sige, at virksomhedsordningen ikke kan benyttes på:

• indkomst ved selvstændig erhvervsvirksomhed, når antallet af ejere er større end 10, og den skattepligtige ikke deltager i virksomhedens drift i væsentligt omfang, ►samt indkomst ved selvstændig erhvervsvirksomhed efter LL § 8 K, stk. 2, når antallet af personlige ejere er større end 2, og den skattepligtige ikke deltager i virksomhedens drift i væsentligt omfang. LL § 8 K, stk. 2, omhandler plantning af træer bestemt til erhvervsmæssig anvendelse som juletræer eller pyntegrønt i kort omdrift samt frugttræer og frugtbuske. Reglen om indkomst ved selvstændig erhvervsvirksomhed efter LL § 8 K, stk. 2, har virkning fra og med indkomståret 1999, uanset at virksomheden er etableret i tidligere indkomstår,◄
• indkomst ved udlejning af afskrivningsberettiget fast ejendom og inventar heri uanset antal ejere, når formidling eller administration af udlejning varetages af en anden virksomhed for flere end 10 personer, og den skattepligtige ikke deltager i virksomhedens drift i væsentligt omfang. Tilsvarende gælder, når flere end 10 personer som led i fælles udlejning udlejer afskrivningsberettiget fast ejendom til samme lejer, og den skattepligtige ikke deltager i virksomhedens drift i væsentligt omfang, og
• indkomst fra udlejning af afskrivningsberettigede driftsmidler og skibe uanset antal ejere, når den skattepligtige ikke deltager i virksomhedens drift i væsentligt omfang.

 
    Skattepligtige, der anvender virksomhedsordningen på indkomst fra anden virksomhed end anpartsvirksomhed, kan således ikke anvende virksomhedsordningen på indkomsten fra anpartsvirksomheden. Anpartsreglerne er beskrevet i E.F.1.
For virksomheder, der i løbet af et indkomstår bliver omfattet af anpartsreglerne, gælder, at virksomhedsordningen ikke kan anvendes for det pågældende indkomstår, jf. VSL § 2, stk. 2
I de tilfælde, hvor den skattepligtige kun har en sådan virksomhed, finder reglerne i VSL § 15 b anvendelse. Der henvises til E.G.2.15.1.7 om VSL § 15 b
I de tilfælde, hvor den skattepligtige fortsætter med at anvende virksomhedsordningen på sin øvrige erhvervsmæssige virksomhed, anses virksomheden, som bliver omfattet af anpartsreglerne for overført til den skattepligtige i hæverækkefølgen.
   Hvis Ligningsrådet meddeler dispensation for reglerne i PSL § 4, stk. 1, nr. 12 eller 13, således at indkomst fra virksomheden ikke er kapitalindkomst, vil den skattepligtige kunne anvende virksomhedsordningen, når betingelserne i øvrigt er opfyldt. Om dispensation for PSL § 4, stk 1, nr. 12 og 13, se E.F.1.4.4 og E.F.1.6.1. Virksomhedsordningen kan heller ikke anvendes på skibsvirksomhed, der er den skattepligtiges bierhverv, når virksomheden er anskaffet før 12. maj 1989.