Når et rederi efter overgang til tonnagebeskatning erhverver skibe eller andre driftsmidler, skal anskaffelsessummen for disse opføres på særlige udligningssaldi. Se TSL § 16, stk. 2.

Formålet med de særlige udligningssaldi er, at der skal kunne foretages en opdeling af de aktiver, som er omfattet af tonnageskatteordningen, så de aktiver, der er erhvervet før overgang til tonnagebeskatning, kan holdes adskilt fra de aktiver, der erhverves efter dette tidspunkt.

Baggrunden for dette er, at der kun har kunnet foretages skattemæssige afskrivninger på den del af aktiverne, der er erhvervet før overgang til tonnagebeskatning. De genvundne afskrivninger, der vil kunne blive tale om at beskatte - de såkaldt udskudte skatter - vil derfor udelukkende vedrøre denne del af aktivmassen.

Nyetablerede rederier, som fra etableringstidspunktet anvender tonnageskatteordningen, skal som udgangspunkt ikke føre udligningssaldi.

Dog skal der føres både overgangs- og udligningssaldi, hvis skibe eller andre driftsmidler senere overføres fra anden anvendelse til hel eller delvis anvendelse under tonnageskatteordningen.