En række udviklingslande og ny industrialiserede lande opkræver skatter af last, som med skib fragtes fra havne i det pågældende land, de såkaldte fragtskatter.

Fragtskatter beregnes som en vis procentdel af værdien af den udgående fragt eller af bruttofragtindtægten.

Der er således ingen direkte sammenhæng mellem rederiets nettofortjeneste ved den pågældende fragt og den fragtskat, der skal betales.

Efter både de interne lempelsesregler i ligningsloven og efter dobbeltbeskatningsoverenskomsterne kan der gives lempelse for udenlandske fragtskatter i den skat, som rederiet skal betale i Danmark.

Betalte udenlandske fragtskatter under en tonnageskatteordning fordeles først forholdsmæssigt på den tonnagebeskattede del af rederivirksomheden og på den øvrige del af rederivirksomheden efter den anvendte tonnage, hvis noget sådant er aktuelt. Se TSL § 21.

Den del af de udenlandske fragtskatter, der falder på den almindeligt beskattede del af rederivirksomheden, behandles ved beregningen af dansk skattelempelse efter de almindelige regler herom.

For den del af de udenlandske fragtskatter, der falder på den tonnagebeskattede indkomst, følges samme fremgangsmåde, men uden mulighed for at fremføre uudnyttede fragtskatter og uden mulighed for at fradrage sådanne i anden indkomst.

Baggrunden herfor er tonnageskatteordningens karakter af en form for bruttoskat, hvor skatten betales med et fast beløb pr. enhed uden mulighed for fradrag.