Efter § 52, stk. 2, kan faktureringspligten på visse betingelser anses for opfyldt, hvor det er en registreret køber, der på sælgers vegne udsteder en faktura - et afregningsbilag. Det er dog en forudsætning, at der foreligger en forud indgået aftale mellem de to parter, samt at der er fastlagt en fremgangsmåde, hvorefter sælger godkender hver enkelt faktura (afregningsbilag), jf. § 52, stk. 2, 2. punktum.

Efter bekendtgørelsens § 47, stk. 1, kan afregningsbilag, der vedrører salg, hvoraf der skal beregnes moms, kun udstedes, hvis begge parter er momsregistrerede. Udstederen af afregningsbilaget har pligt til at sikre sig, at sælger er momsregistreret.

Et afregningsbilag skal indeholde de samme oplysninger som en fuld faktura, jf. § 40, stk. 1, i bekendtgørelsen. Oplysningerne fremgår af N.2.3.

Efter bekendtgørelsens § 47, stk. 2, fremgår det, at betingelserne for udstedelse af et afregningsbilag, jf. § 52, stk. 2, 2. punktum, anses for opfyldt, hvis fakturering (afregning) fra køber sker på grundlag af en skriftlig aftale, eller hvis der foreligger vedtægtsmæssige eller lignende ensartede regler for levering og prisfastsættelse af varer. Når udstedelse af afregningsbilag sker på grundlag af en skriftlig aftale, skal den ansvarlige ledelse hos begge parter have underskrevet denne, og begge parter skal opbevare et eksemplar af aftalen. I øvrigt skal fakturering via afregningsbilag ske på grundlag af nærmere specifikke oplysninger, som skal bero hos køber.

Hvis der er tale om et leverandørforhold, hvor der er vedtægtsmæssige eller lignende ensartede regler for levering og prisfastsættelse af varer, sidestilles dette med en aftale, der kan danne grundlag for udstedelse af afregningsbilag. Der tænkes her især på landbrugssektorens leverancer til mejerier, slagterier, forderstofforretninger m.v. og tilsvarende leverandørforhold.

Efter de gældende danske regler har køber et fælles ansvar med sælgeren for, at sælger har et gyldigt momsregistreringsnummer, der skal påføres afregningsbilaget. I praksis kan dette ansvar udøves ved bl.a. at foretage opslag på SKATs hjemmeside www.skat.dk  under TastSelv Erhverv/Log på TastSelv Erhverv/Find momsnumre (momsnumre i Danmark), hvor køber kan få dokumenteret momsregistreringen. Herudover kan verifikation ske ved henvendelse til SKAT. Køber skal opbevare dokumentation for verifikationerne, herunder verifikationsdato, jf. bekendtgørelsens § 47, stk. 3.

Hvis en sælger, der ikke er momsregistreret, modtager et afregningsbilag, hvorpå der er anført afgiftsbeløb eller anden angivelse af, at afregningen indbefatter moms, skal sælger gøre køber opmærksom herpå og tilbagebetale momsbeløbet til køber, jf. bekendtgørelsens § 47, stk. 3.

Som ved almindelig fakturaudstedelse er købers momsfradragsret betinget af, at der foreligger forskriftsmæssig købsdokumentation. Et afregningsbilag, der er udstedt, uden at sælger er momsregistreret, er således ikke korrekt dokumentation for købers momsfradragsret.

Hvis en køber udsteder et afregningsbilag til en registreret sælger over varer og momspligtige ydelser uden deklaration af moms, må sælger gøre køber opmærksom herpå og anmode om, at momsen deklareres, hvorved forudsættes at betingelserne for udstedelse af et afregningsbilag i øvrigt er opfyldt. I modsat fald må sælger udstede en forskriftsmæssig faktura.