Indkomst ved visse former for virksomhed, som foregår i nær tilknytning til levering af transportydelser, kan også omfattes af ordningen, jf. tonnageskattelovens § 10, stk. 2. Sådan virksomhed skal være en del af almindelig rederivirksomhed. Det drejer sig om indkomst ved:

1. Anvendelse af containere.
2. Drift af lastnings-, og losnings- og vedligeholdelsesfaciliteter.
3. Drift af billetkontorer og passagerterminaler.
4. Drift af kontorfaciliteter m.v.
5. Salg af varer til forbrug om bord. Salg af cigaretter på færge med sejlads mellem Danmark og Sverige, hvor overfarten tog 20 minutter, kunne ikke anses for salg til forbrug ombord, der kunne ske uden afgift jf. SKM2009.734.LSR. 
6. En beregnet markedsleje ved rederiets egen anvendelse af lokaler om bord
7. Lejeindtægt ved udleje af lokaler om bord
8. Salg af skibe. Salg af skibsanpart omfatttet af tonnageskattelovens § 10, stk. 2, nr. 9, jf. SKM2009.526.SR. 
9. Skibe der endnu ikke er færdiggjort i et sådant omfang, at de kan indgå i rederiets drift
10. Salg eller opgivelse af retten efter en kontrakt om levering af et skib

Hvis en samlet transportydelse omfatter såvel en land- eller lufttransportdel som en transportdel på skib, kan vederlaget, jf. tonnageskattelovens § 11 for den samlede transportydelse beskattes efter tonnageskatteordningen, når rederiet indgår aftale med andre transportvirksomheder om udførelsen af disse andre dele af den samlede transportydelse. Udføres disse andre dele af den samlede transportydelse af rederiet selv, vil det kun være søtransportdelen, der vil kunne beskattes efter tonnageskatteordningen. De øvrige dele skal beskattes efter de almindelige regler.