Ved lov nr. 1386 af 20. december 2004 blev AL §§ 40 A og 40 B (begge indsat ved lov nr. 464 af 9. juni 2004) ændret således, at bestemmelserne, der tidligere alene omfattede henholdsvis CO₂-kvoter og sildekvoter, har fået et indhold, hvorved der sker en generel regulering af de skattemæssige forhold vedrørende kvoter. Ved samme ændringslov blev AL § 40 C indsat i afskrivningsloven. Denne bestemmelse indeholder i sin oprindelige affattelse alene regler for den skattemæssige behandling af betalingsrettigheder efter EU-landbrugsstøtteordninger og visse mælkekvoter. Ved lov nr. 1577 af 20. december 2006 blev AL § 40 C udvidet til også at omfatte regler om beskatning af leveringsrettigheder for sukkerroer (sukkerroekvoter).

I AL § 40 C omfatter mælkekvoter, som er erhvervet den 1. januar 2005 eller senere. AL § 40 C omfatter også mælkekvoter, der er erhvervet eller tildelt inden den 1. januar 2005, hvis der ved afståelsen ikke skal ske regulering af anskaffelsessummen for en fast ejendom med henholdsvis anskaffelses- og afståelsessummen for mælkekvoten efter ejendomsavancebeskatningsloven.

Leveringsrettigheder for sukkerroer var oprindeligt ikke været omfattet af AL §§ 40 B og 40 C, men er blevet behandlet efter doms- og landsskatteretspraksis som beskrevet under E.A.2.1.3 og E.E.4.9.4. Det følger nu af AL § 40 C, stk.3, at anskaffelsessummen for leveringsrettigheder for sukkerroer, som skatteyderen ejer eller erhverver den 4. oktober 2006 eller senere, skattemæssigt skal behandles på samme måde som betalingsrettigheder og mælkekvoter omfattet af AL § 40 C. De anskaffelsessummer for leveringsrettigheder for sukkerroer, der nævnes i AL § 40 C, stk. 3, skal indgå på saldoen allerede i det indkomstår, der omfatter den 4. oktober 2006.

AL § 40 A vedrører engangskvoter, mens AL § 40 B omhandler løbende kvoter. Loven omfatter både omsættelige kvoter, dvs. kvoter, som skatteyderen kan handle med, og kvoter, der ikke er omsættelige. De generelle regler for kvoter i AL §§ 40 A og 40 B har virkning fra og med 1. januar 2005. For så vidt angår sildekvoter, har AL § 40 B i sin oprindelige formulering virkning fra og med 1. januar 2003 til og med 31. december 2004.

De oprindelige regler i AL § 40 C blev indført med virkning fra og med 1. januar 2005, mens de ændringer af bestemmelsen, der blev gennemført ved lov nr. 1577 af 20. december 2006 har virkning fra og med den 4. oktober 2006.

Det bestemtes i § 5 i lov nr. 464 af 9. juni 2004, at skatteministeren fastsætter tidspunktet for lovens ikrafttræden, mens det i § 8 i lov nr. 1386 af 20. december 2004 bestemmes, at skatteministeren fastsætter tidspunktet for lovens eller dele af lovens ikrafttræden. I bekendtgørelse nr. 913 af 30. september 2005 har skatteministeren bestemt, at AL § 40 B som affattet ved § 1, nr. 1, i lov nr. 464 af 9. juni 2004, træder i kraft den 6. oktober 2005. Endvidere har han bestemt, at AL §§ 40 A og 40 B, som affattet ved § 1, nr. 1, i lov nr. 1386 af 20. december 2004, træder i kraft den 6. oktober 2005. Endelig har skatteministeren i bekendtgørelse nr. 589 af 12. juni 2006 bestemt, at AL § 40 C, som indsat ved § 1, nr. 2, i lov nr. 1386 af 20. december 2004, og som ændret ved lov nr. 426 af 6. juni 2005, træder i kraft den 15. juni 2006.

Engangskvoter/løbende kvoter

I almindelighed vil en kvote være en forudsætning for at drive erhvervsvirksomhed inden for det område, som kvoten vedrører. Dette er f.eks. tilfældet for fiskekvoter og CO₂-kvoter.

Afskrivningsloven skelner mellem engangskvoter og løbende kvoter.

En løbende kvote har form af en løbende ret til at producere m.v. en vis mængde pr. periode, f.eks. pr. år eller pr. måned, hvor en uudnyttet del af kvoten pr. delperiode ikke kan overføres til den efterfølgende delperiode (se dog nedenfor). Sådanne kvoter - bortset fra mælkekvoter og leveringsrettigheder for sukkerroer - er omfattet af afskrivningslovens § 40 B.

Det er kvoteordningens overordnede struktur, der skal lægges til grund ved bedømmelsen af, hvilken kvotetype, der er tale om. Det vil sige, at eventuelle muligheder for at dispensere fra hovedreglerne i en kvoteordning ikke er afgørende ved klassifikationen. Ved afgrænsningen af, hvilken type kvote der er tale om, er det ikke afgørende, hvilken enhed rettigheden opgøres i. Der kan således både være tale om mængder af fysiske enheder som kg, ton m.v., relative fysiske enheder som f.eks. en mængde pr. kubikmeter eller rettigheder opgjort i pengemæssig værdi som f.eks. en ret til at fange for 100.000 kr. af en bestemt type fisk.

Hvis en kvoteindehaver f.eks. benytter sig af en mulighed for efter ansøgning at overføre en uudnyttet del af en løbende kvote til et efterfølgende år, giver det ikke umiddelbart anledning til skattemæssigt at omklassificere den konkrete kvote fra løbende kvote til engangskvote. I et sådant tilfælde vil den skattemæssige afskrivningsprofil for løbende kvoter blive anvendt, indtil anskaffelsessummen er afskrevet fuldt ud. Det kan dog ikke udelukkes, at en kvotetype, der formelt og overordnet fremtræder som en løbende kvote, men som ved meget udbredt anvendelse af dispensationsmuligheder i praksis administreres som en engangskvote, skattemæssigt vil blive klassificeret som en engangskvote.

BetalingsrettighederFor at kunne få udbetalt støtte efter enkeltbetalingsordningen er det en forudsætning, at ansøgeren råder over betalingsrettigheder, jf. nærmere herom i afsnit E.C.5.4.3.