Virksomheder med negativt afgiftstilsvar får udbetalt overskydende moms senest 3 uger efter, hvis angivelsen er modtaget rettidigt. Overskydende moms under 50 kr. udbetales ikke.
 
Hvis tilbagebetalingen skyldes en fejl i ►tidligere angivelser◄, tilbagebetales beløbet også ►senest◄ 3 uger efter, at virksomheden har gjort de statslige told- og skattemyndigheder opmærksom på fejlen.
 
Hvis der ikke kan foretages kontrol af momsangivelsen på grund af virksomhedens forhold (f.eks. ferielukning, bortrejse eller mangelfuldt regnskab), afbrydes udbetalingsfristen. Udbetaling sker kun, hvis angivelser vedrørende tidligere momsperioder er modtaget. Ved udbetalingen modregnes statens krav på moms og eventuelle renter for de pågældende perioder, selv om momskravet ikke er forfaldent.
 
De statslige told- og skattemyndigheder har► indenfor det første år◄ mulighed for at afbryde 3-ugers fristen eller stille krav om sikkerhedsstillelse for udbetaling af negativ moms, hvis det skønnes, at udbetalingen på det foreliggende grundlag vil indebære en nærliggende risiko for afgiftstab indtil virksomhedens forhold er undersøgt, jf. P. 5.1.4.1.
 
Kravet om sikkerhedsstillelse er en alternativ mulighed. Den nærliggende risiko for momstab vil især være aktuel i store og komplicerede sager.
 
Endelig kan udbetalinger som følge af negativt afgiftstilsvar tilbageholdes, hvis virksomheden ikke rettidigt har indsendt selvangivelse.