Der kan ikke umiddelbart foretages en beregning af den godtgørelsesberettigede energiafgift for energi, der indkøbes til blandet anvendelse (rumvarme, varmt brugsvand eller komfortkøling og proces), hvor der gælder forskellige godtgørelsesprocenter.

Der skal i dette tilfælde ske en fordeling af den indkøbte energi og afgiften af denne. Grundlaget for fordelingen er det faktiske energiforbrug til de forskellige formål.

For virksomheder, der anvender løbende leverancer af fx el eller naturgas til blandet anvendelse, og hvor der sker månedsvis eller kvartalsvis slutafregning mellem leverandøren og virksomheden, stilles der ikke krav om, at virksomheden skal anvende reglerne om acontogodtgørelse. Virksomheden skal dog være i stand til at fordele afgiften på den enkelte slutafregning og dermed opgøre godtgørelsesberettigede afgifter på grundlag af foretagne målinger/opgørelser.