Den 13. december 2000 afsagde Landskatteretten en kendelse vedrørende problemstillingen om godtgørelse for kvælstofafgift for afsluttede planperioder. Ifølge kendelsen blev jordbrugsvirksomheden berettiget til godtgørelse for afsluttede planperioder i overensstemmelse med det af Plantedirektoratet udstedte registreringsbevis.

Kendelsen blev ikke anket. I stedet blev der indgået en aftale mellem Skatteministeriet og Fødevareministeriet om, at der ikke længere ville blive udstedt registreringsbeviser med tilbagevirkende kraft for allerede afsluttede planperioder.

Ved ændring af gødskningsloven - lov nr. 203 af 25. marts 2003, Lov om ændring af lov om jordbrugets anvendelse af gødning og om plantedække - blev det muligt i særlige tilfælde at registrere jordbrugsvirksomheder med virkning for tidligere planperioder.

Da kendelsen af 13. december 2000 ikke blev anket, danner den retstilstand på området.

ToldSkat godtgør derfor kvælstofafgift i overensstemmelse med de registreringsbeviser Plantedirektoratet udsteder. Dette gælder også selv om registreringsbeviset er udstedt med tilbagevirkende kraft for en allerede afsluttet planperiode.