Når der i en sag er sket påklage til skatteankestyrelsen,  skatteankenævnet eller Landsskatteretten, kan både klageren og SKAT anmode om syn og skøn efter reglerne i skatteforvaltningslovens (SFL) § 47. Klageinstansen kan ikke give tilladelse til at afholde syn og skøn, fordi det er byretterne, der skal tage stilling hertil. Men klageinstansen kan give tilsagn om, at hvis syn og skøn afholdes, vil udgifter dertil blive dækket fuldt ud af SKAT. Se A.A.13 om omkostningsgodtgørelse.

Hvis en part ikke ønsker at gennemføre et syn og skøn, kan hverken retten eller klageinstansen selv gennemføre et syn og skøn eller tvinge parterne til at afholde et syn og skøn. Det er derfor frivilligt, om klageren eller SKAT ønsker et syn og skøn.

Syns- og skønssagen foregår ved den relevante byret efter reglerne i retsplejelovens (RPL) § 343 og kapitel 19. Den relevante byret bliver bestemt ud fra, hvor genstanden, som ønskes vurderet, befinder sig. Befinder genstanden sig i udlandet, skal anmodningen om syn og skøn sendes til byretten på det sted, hvor en eventuel senere retssag skal anlægges her i landet. Se også A.A.10.3 om domstolsprøvelse i civile sager.

Syn og skøn kan også anvendes i sager, der forelægges for Skatterådet. Se SFL § 4, stk. 3.

Skatteankestyrelsen, Skatteankenævnet og Landsskatteretten kan i forbindelse med ønsket om syn og skøn fastsætte en frist, inden for hvilken klageren og den myndighed, hvis afgørelse er påklaget, skal tage stilling til, om der skal afholdes syn og skøn i sagen. Se SFL § 47, stk. 2. Når fristen er udløbet, behøver skatteankenævnet og Landsskatteretten ikke at respektere ønsket om syn og skøn. Det vil sige, at de kan færdigbehandle klagesagen uden at afvente en eventuel syns- og skønserklæring.

Bliver der anmodet om syn og skøn, stiller skatteankestyrelsen, skatteankenævnet og Landsskatteretten behandlingen af klagen i bero, indtil klageren efter at have modtaget skønserklæringen har meddelt, om klagen ønskes opretholdt. Se SFL § 47, stk. 3.

Der kan ikke afholdes syn og skøn om prøvelse af passivposter efter boafgiftslovens § 13a og i sager om vurdering af fast ejendom. Se SFL § 47. Der kan ikke afholdes syn og skøn i sager om vurdering af fast ejendom, fordi vurderingsmyndighederne selv har adgang til at foretage besigtigelse af ejendommen og til at betjene sig af særlig sagkyndig bistand. Begrænsningen drejer sig kun om vurdering efter vurderingsloven. Syn og skøn kan derfor godt gennemføres i andre skattesager om værdien af fast ejendom, fx om overdragelser mellem hovedaktionær og selskab.