Genoptagelsesfristen i SFL § 31, stk. 2, finder ikke anvendelse, hvis der efter anden lovgivning er fastsat særlige frister for anmodning om ændring af afgiftstilsvar og om godtgørelse af afgift. I disse tilfælde gælder den frist, der fremgår af den særlige lovgivning.
Her skal alene nævnes et par eksempler på sådanne regler. Der er således ikke tale om en fuldstændig redegørelse for eksisterende særregler.
Virksomheder, der efter ansøgning har fået bevilling til godtgørelse af punktafgifter i forbindelse med udførsel af varer, har fået tilladelsen på en række vilkår, blandt andet et vilkår, der fastsætter en frist for, hvornår virksomheden senest kan søge om godtgørelse. Når en sådan frist i en bevilling er fastsat i henhold til lovgivningen, finder den ordinære fristregel i SFL § 31, ikke anvendelse i disse situationer.
Eksempel - punktafgift
Der kan gives godtgørelse af afgiften af beholdere af spiritus, vin, frugtvin, øl, mineralvand, limonade og andre varer tilsat kulsyre, der brugte leveres tilbage og sælges til fornyet anvendelse (genopfyldning) i udlandet. Se EMBAL § 6, stk. 4.
SKAT kan efter ansøgning give bevilling til godtgørelse af afgiften. Virksomheden skal ansøge om afgiftsgodtgørelse inden et år efter beholderens udførsel. Se Punktafgiftsvejledningen afsnit G.1.5.2.
Udenlandske virksomheder, der køber varer og ydelser i Danmark, der er pålagt moms, kan søge denne moms refunderet i henhold til 8. momsdirektiv. I henhold til momsbekendtgørelsens §§ 27 - 30, gælder der særlige frister for ansøgninger om refusion. Skatteforvaltningslovens 3-års frist i § 31, finder ikke anvendelse på disse situationer.
Eksempel - moms
Der kan ske godtgørelse af moms ved udenlandske virksomheders køb af momspligtige varer mv. her i landet. Se momsbekendtgørelsens §§ 27 - 30. Ansøgningen skal ske på en særlig blanket. Ansøgningen skal omfatte køb mv. af varer eller ydelser for en periode på mindst tre måneder og højst et kalenderår. En ansøgning kan endvidere omfatte køb, som ikke er medtaget i tidligere ansøgninger for det pågældende kalenderår.
Ansøgningen skal være SKAT i hænde senest seks måneder efter udløbet af det kalenderår ansøgningen vedrører. Det fremgår af bestemmelserne, at fristen for ansøgning om godtgørelse også finder anvendelse, hvis virksomheden har overset eller glemt et køb. En ansøgning kan endvidere omfatte køb, som ikke er medtaget i tidligere ansøgninger for det pågældende kalenderår.
Eksempel - lønsumsafgift
I henhold til tidligere gældende regler i lønsumsafgiftsloven kunne virksomheder, der overvejende var finansieret af offentlige midler, fritages for lønsumsafgift. Reglerne fandt anvendelse på institutioner, hvis driftsudgifter var dækket af offentlige tilskud med mindst 50 pct. Se bekendtgørelse nr. 1176 af 23. november 2006 § 1 stk. 2. Institutioner, der havde forskellige aktiviteter, og hvor der alene blev ydet tilskud til en eller flere af disse aktiviteter, kunne vælge at opgøre tilskudsprocenten for den eller de tilskudsberettigede aktiviteter. Se bekendtgørelse nr. 1176 af 23. november 2006 § 1 stk. 3.
Det var en betingelse, at institutionen førte et særligt regnskab for de tilskudsberettigede aktiviteter, der kunne danne grundlag for opgørelsen af tilskudsprocenten og kontrollen hermed.
Institutioner, der ønskede at opgøre tilskudsprocenten alene for de tilskudsberettigede aktiviteter, skulle give SKAT meddelelse herom senest i forbindelse med regnskabsaflæggelsen for det pågældende år. Var meddelelsen ikke indgivet senest i forbindelse med aflæggelse af regnskabet for det pågældende regnskabsår, var institutionen ikke berettiget til at opgøre tilskudsprocenten alene for de tilskudsberettigede aktiviteter. Det havde i den forbindelse ingen betydning, at en del af tilskuddet først blev udbetalt efter, at den pågældende aktivitet var afsluttet. Se SKM2006.360.LSR. Se lønsumsafgiftsvejledning 2008-4, afsnit B.3.2 for en beskrivelse af disse tidligere gældende regler.
De omtalte regler blev ophævet pr. 1. januar 2009, men er eksempel på, at særligt fastsatte frister kan begrænse adgangen til at foretage ændringer i afgiftstilsvaret, ud over de almindelige regler i skatteforvaltningsloven.