Ved lov nr. 524 af 17. juni 2008, blev ordlyden af momslovens § 57, stk. 5 ændret således, at værnsreglen i bestemmelsens 2. pkt. om, at delregistrerede virksomheder, jf. momslovens § 47, stk. 3, 2. pkt, skal anvende kalendermåneden som afregningsperiode, blev ophævet.

Ændringen, der trådte i kraft med virkning fra den 1. januar 2009, har rejst tvivl om betydningen heraf for anvendelsen af den såkaldte eksportmomsordning, der går ud på, at virksomheder med eksportomsætning eller anden momsfri [nulsats-]omsætning kan få momsen af eksportværdien hurtigere tilbagebetalt. Det sker ved, at virksomheden udskiller denne omsætning i en selvstændig momsregistrering med eget SE-nummer og fører særskilt regnskab for hver enhed.

Alle delregistrerede virksomheder skulle efter de før 1. januar 2009 gældende regler afregne moms månedsvis, uanset hvor stor omsætningen er i de enkelte delregistreringsforhold, jf. dagældende momslovs § 57, stk. 5, sidste pkt.

Delregistreringen betyder, at hver af de momsregistrerede enheder betragtes som en selvstændig momspligtig virksomhed i henhold til momslovens § 3, stk. 3. Virksomhedens eksportsalg af varer og ydelser kan herefter faktureres i to led, nemlig fra den oprindelige enhed (hovedenheden) til den nye enhed (eksportenheden) og derefter fra eksportenheden til eksempelvis en kunde i udlandet. Virkningen heraf bliver, at leverancen fra hovedenheden til eksportenheden er momspligtig, medens leverancen fra eksportenheden til køberen i udlandet er momsfri.

Ordningen er således betinget af, at levering af varer og ydelser fra hovedenheden til eksportenheden er momspligtige transaktioner, og at en tilsvarende leverance mellem to uafhængige parter etableret i Danmark ville være belagt med dansk moms. Der henvises til Momsvejledningen, afsnit M.1.4.1.

Hvis virksomheden ønsker at blive omfattet af eksportmomsordningen, skal den sende en ansøgning til Erhvervs- og Selskabsstyrelsen Se Momsvejledningen M.1.1.

De ændrede regler pr. 1. januar 2009 for delregistrerede virksomheder betyder, at den afgiftspligtige igen kan vælge at have hovedregistreringen på kvartalsafregning og eksportregistreringen på månedsafregning. Det er dog betinget af, at hovedregistreringen og delregistreringen tilsammen ikke har en omsætning på over 15 mio.