Garantisystemet, ►der er det andet af TIR-konventionens grundelementer◄, skal sikre, at told og afgifter af det gods, der medføres under transporterne, til enhver tid er dækket af en national garantiorganisation. 
Hver enkelt national garantiorganisation, der repræsenterer transportørerne i et land, garanterer inden for dette lands grænser for betaling af told og afgifter, som måtte blive skyldige, hvis der opstår uregelmæssigheder i forbindelse med en TIR-transport.