Indkomst, som er omfattet af den særlige skatteordning, beskattes med en bruttoskat på 25 procent i en eller flere perioder af højst 36 måneders samlet varighed, jf. KSL § 48 F, stk. 1, 1. pkt., og stk. 2, 1. pkt.

Medarbejdere, som første gang anvender den særlige skatteordning i indkomståret 2008 eller senere, kan vælge beskatning med 33 procent i en eller flere perioder af højst 60 måneders samlet varighed i stedet for beskatning med 25 procent i en eller flere perioder af højst 36 måneders samlet varighed. Se KSL § 48 F, stk. 3. Valgmuligheden gælder for alle medarbejdere, der indtræder i ordningen i indkomståret 2008, selv om bestemmelsen først trådte i kraft den 19. juni 2008. Se § 6 i Lov nr. 522/2008 og bemærkninger til § 6 i Lovforslag nr. 162/2007.

Det er muligt at fordele de 36 eller 60 måneder over en ubegrænset periode, men medarbejderen skal opfylde samtlige betingelser for ordningens anvendelse ved indgåelse af nye ansættelseskontrakter. Den tilladte opholdsperiode mellem to ansættelser (en måned), jf. KSL § 48 F, stk. 2, 2. pkt., medregnes ikke i de 36 eller 60 måneder.

Valget af beskatningsprocent gælder for alle 36 eller 60 måneder. Valget skal foretages senest på tidspunktet for sidste rettidige indgivelse af selvangivelse for det indkomstår, hvor medarbejderen første gang vælger beskatning under den særlige skatteordning.

Når medarbejderen har valgt beskatning efter den særlige skatteordning, er valget bindende, og medarbejderen kan ikke senere vælge almindelig indkomstbeskatning for de indkomstår, hvor ordningen har været anvendt, jf. KSL § 48 F, stk. 5, 2. pkt. Se afsnit D.B.5.2.9.

Hvis arbejdsgiveren har foretaget indeholdelse af A-skat med en anden sats end den valgte, reguleres skatten for den pågældende periode. Den betalte skat behandles som indeholdt foreløbig skat, jf. KSL § 48 F, stk. 4, 2.-3. pkt, jf. stk. 13. Hvis indeholdelsen er sket med et for lavt beløb, modregnes det manglende beløb i eventuel overskydende skat, jf. KSL § 62, stk. 1. Det sker før der beregnes procentgodtgørelse af overskydende skat. Er indeholdelsen af skat sket med et for stort beløb, modregnes dette i eventuel restskat, før der beregnes procenttillæg heraf, jf. KSL § 61, stk. 1. Fører modregningen til et samlet resterende beløb, opkræves dette efter beregning af procenttillæg i 3 rater - normalt - den 1. i hver af månderne september, oktober og november i året efter indkomståret. Hvis der både er en restskat, og der er betalt for lidt i forskerskat, vil en opkrævning af restskatten i 3 rater for den del, som ikke kan indregnes i forskudsskatten, kunne slås sammen med opkrævningen af for lidt betalt forskerskat. Tilsvarende gælder, at en tilbagebetaling af såvel overskydende skat som af overskydende forskerskat kan ske samlet. Se bemærkninger til § 1, nr. 23, i Lovforslag nr. 197/2008 (Lov nr. 521/2009). Bestemmelserne i KSL §§ 62 og 62 A om modregning af restancer og renteberegning af overskydende skat og restskat efter 1. oktober i året efter indkomståret finder ligeledes anvendelse, jf. KSL § 48 F, stk. 13.