Når et tinglyst eller registreret pant er blevet aflyst eller udslettet, kan SKAT godtgøre den betalte afgift, hvis pantebrevet ikke har været overgivet til kreditor eller kreditors repræsentant, og hvis der ikke har været betalt ydelser i henhold til pantebrevet, jf. § lovens 23, stk. 1, nr. 3. SKAT kan godtgøre afgiften for pantebreve til sikkerhed for lån i realkreditinstitutter, Dansk Landbrugs Realkreditfond eller i pengeinstitutter, selvom pantebrevet har været overgivet til kreditor, hvis der ikke har været betalt ydelser i henhold til pantebrevet..

Der kan ikke ske godtgørelse af afgift på tinglyste ejerpantebreve.

Hvis der er sket en åbenbar fejlagtig identifikation af den pantsatte genstand, kan der ske godtgørelse af den afgift, der blev betalt for den fejlagtige pantsætning, jf. lovens § 23, stk. 1, nr. 4. Godtgørelse forudsætter, at den fejlagtige pantsætning er blevet aflyst eller udslettet, at fejlen er rettet ved en ny pantsætning og at anmodning om godtgørelse på den fejlagtige pantsætning er indgivet senest 1 måned efter, det nye pant er blevet tinglyst. Alle betingelserne skal være opfyldt, før der kan ske godtgørelse. SKAT skal i hver enkelt sag vurdere, om der ud fra sagens konkrete omstændigheder kan siges at være sket en åbenbar fejlagtig identifikation af den pantsatte genstand. Det er derfor ikke afgørende, at anmelder mener, at der er sket en åbenbar fejlagtig identifikation af den pantsatte genstand. Ved vurderingen af om der er sket en åbenbar fejlagtig identifikation, ser SKAT bl.a. på ejerforholdet, på om der er opnået pant som forudsat i dokumentet, og på den tid der er gået fra tinglysning af den fejlagtige pantsætning, til den bliver rettet ved en ny tinglysning.