Hvis told- og skatteforvaltningen i et konkret tilfælde finder, at der ikke er tale om en fond omfattet af fondsloven, men f.eks. en indsamling eller en velgørende forening, kan sammenslutningen muligvis anses for at være et selvstændigt skattesubjekt, der beskattes i henhold til selskabsskatteloven. Den skatteansættende myndighed bør dog være opmærksom på, om der er tale om en omgåelse af de materielle fondslove.

Spørgsmålet om, hvorvidt der foreligger en fond, kan eksempelvis opstå i forbindelse med beskatning af stifteren. I disse tilfælde må det vurderes, om der er tale om en institution, der opfylder betingelserne for at være en fond, eller om der i stedet må antages blot at være tale om en ulovlig selvbåndlæggelse.

Foreligger der imidlertid et selvstændigt skattesubjekt, vil institutionen som udgangspunkt være skattepligtig efter SEL § 1, stk. 1, nr. 6. Skattepligt efter denne bestemmelse omfatter alene indtægt ved erhvervsmæssig virksomhed samt fortjeneste eller tab ved afhændelse, afståelse eller opgivelse af formuegoder, der har eller har haft tilknytning til den erhvervsmæssige virksomhed, jf. nærmere SEL § 1, stk. 4 og 5. Om indkomstopgørelsen for fonde, der er skattepligtige efter SEL § 1, stk. 1, nr. 6, se afsnit S.C.6.1.

Er der ikke stiftet et selvstændigt skattesubjekt, vil beskatning ske hos deltagerne, f.eks. stifteren.

Foreninger af kommuner eller amtskommuner er ikke omfattet af fondsloven, jf. FL § 2, stk. 2, og dermed heller ikke af fondsbeskatningsloven.